Un phénomène étrange appelé "séisme spatial" dévaste le centre de l'Eurasie, faisant au moins 150 millions de victimes. Au cours des 30 prochaines années, de petits séismes spatiaux envahissent le monde de manière irrégulière. Dans le présent, Itsuka Shido est un lycéen ordinaire pas doué avec les filles. Le premier jour de cours, un tremblement d'espace détruit la ville et une fille dotée d'une armure apparaît en face de lui. Pris dans une violente bataille, notre héros se retrouve inconscient, lors de son réveil il se retrouve dans un vaisseau et apprend que Kotori, sa sœur, en est le capitaine.
Un tremblement de l'espace dévastateur à la frontière sino-mongole se produit. Trente ans ont passé depuis le cataclysme qui a coûté la vie de 150 millions de personnes et les gens sont revenus à une vie normale. Shido Itsuka et sa sœur cadette Kotori vivent au Japon, dans la ville de Tengu.
S01E02 - Nouvelle rencontre
Après avoir passé une nuit blanche avec le visual novel donné par Kotori, Shido se dirige vers l'école. Pendant la journée, il visite la salle de physique, où Reine lui installe une oreillette peu voyante dans son oreille droite.
S01E03 - L'épée qui déchire le ciel
Juste après avoir apprit que les cours ont été annulés suite aux assauts sur les locaux de la veille, Shido rencontre soudainement Tohka qui lui parle immédiatement du rendez-vous dont ils s'étaient arrangés.
S01E04 - Triste pluie
Peu après les événements survenus autour de Tohka, Shido rencontre une fille en manteau vert à oreilles de lapin en la voyant courir à travers un sanctuaire, sous la pluie. Cette-dernière tombe dans une flaque d'eau, et Shido vient s'enquérir de son état.
S01E05 - Terre gelée
Tohka évite Shido Itsuka à cause de ses sentiments concernant ce qu'il s'est passé entre lui et Yoshino. Elle parle de ses tracas à Reine, dans un café, et reçoit des conseils.
S01E06 - Les sources chaudes de l'amour
Tohka et Yoshino veulent visiter une source chaude. Shido en parle donc avec Kotori afin de prendre les dispositions nécessaires pour aller aux sources de Tenguu Gokuraku. Kannazuki tente de convaincre Kotori d'y aller, car il rêve de filmer Kotori nue.
S01E07 - Visiteurs
Mana a eu un match d'entraînement de niveau 10 contre Origami et ses coéquipières après le match de pratique qui a été remporté par Mana. Mana se présenta à la réunion de l'AST conscernant le combat précédent avec Hermit où elle révèle sans le savoir qu'elle est la sœur cadette de Shido.
S01E08 - Le trio des furies
Shido invite Kurumi dehors mais est forcé à rendez-vous polygame quand Tohka le séduit et Origami l'oblige. Shido est incapable de nier l'une d'elles car Tohka aurait le cœur brisé, Origami serait soupçonneuse et ses plans pour sceller Kurumi dépendent de ce rendez-vous.
S01E09 - Nightmare en furie
Mana tue Kurumi et explique tout à Shido. Après cela, il est contraint de partir, il évite alors Origami et Tohka après avoir couru car il a vu la mort de Kurumi.
S01E10 - L'esprit du feu (Efreet)
Kurumi Tokisaki et Kotori ont commencées à se battre après une courte conversation. Kurumi utilisé l'une de ses capacités qui est sa septième balle, Zayin, pour immobiliser Kotori, crée des copies d'elle-même, et tire sur Kotori plusieurs fois.
S01E11 - Compte à rebours
Après que Shido a rendu visite à Origami, Ryouko est venue pour la consulter et lui a dit de se détendre un peu. Elle lui a également dit qu'"une partie de la haut de la l'équipement de ligne" va être livré dans deux jours à partir de maintenant", se référant au White Licorice.
S01E12 - Ce qu'on ne peut abandonner
Après avoir quitté Ocean Park, Kotori et Shido allèrent au parc d'attractions. Ils commencèrent par une tour de chute où Kotori cria de peur, elle se plaignit également que Shido l'a dupée pour l'avoir emmenée jusque là.