Mike a mis des distances entre lui et Marcellus et a également déménagé. Sa nouvelle voisine, Liz Garza, est une ancienne nonne devenue officier de probation. Jamie Farrell, un jeune homme au passé trouble, demande son aide à Mike. Il a été témoin d'un quadruple meurtre et il est poursuivi par l'assassin. Mike reprend alors contact avec Marcellus...
S02E02 - Le Suspect idéal
Mike et Marcellus travaillent ensemble pour faire libérer un innocent, accusé de terrorisme par un agent du FBI. Ils doivent également retrouver le véritable poseur de bombe. Pour cela ils recherchent le lien qui unit toutes les victimes afin de pouvoir sauver les prochaines...
S02E03 - Présumé coupable
Bettina, une cliente de Brian, est accusée de meurtre et demande à Mike de l'aider à trouver le véritable coupable afin de la disculper de tous soupçons...
S02E04 - Dommages collatéraux
Mike identifie l'homme qui a tué Marcellus comme celui qui lui avait échappé il y a longtemps, lors d'une descente de police chez un dealer de drogue. Seulement, un second tir visant Marcellus suggère la possibilité qu'il puisse exister deux tueurs différents. Obligé de se tenir à l'écart de certaines mauvaises fréquentations, Jamie déménage temporairement chez Mike et Liz lui apprend comment se comporter en bon voisin...
S02E05 - L'Ange vengeur
Ayant échappé de justesse à une tentative de viol par trois hommes grâce à Mike, Leda réalise que le seul moyen de reprendre le contrôle de sa vie et d'éviter à d'autres femmes de se faire agresser, et de se venger des responsables en lessupprimant. De son côté, Marcellus protège un adolescent contre un père négligeant et accro à la drogue...
S02E06 - Amnésie mortelle
Mike aide une femme amnésique à recouvrer la mémoire, alors qu'elle a été profondément marqué par un meurtre. En travaillant avec Mike qui tombe soudain d'amour pour elle, Jaime se remémore un passage douloureux de son passé. Pour impressionner une fille rencontrée sur internet, Marcellus se fait passer pour Mike. En échange, ce dernier lui enjoint de rafraîchir sa cuisine...
S02E07 - Une Preuve de plus
Pour l'anniversaire de la mort de son frère, Jamie décide d'aller à la rencontre de son père Richard pour se réconcilier avec lui, mais il le surprend dans les bras d'une jeune femme, Cate Rawllings, avec qui il a une aventure. Cate est retrouvée assassinée le lendemain ; à la demande de Jamie, Mike essaye de soutirer les informations que possède Marcellus sur le meurtre, sans parler de la liaison que Richard entretenait avec Cate. Alors qu'il se trouvait dans l'appartement de Cate, afin de subtiliser les preuves de l'implication de son père (un bijou qu'il lui avait offert), Jamie se fait arrêter et se voit contraint de révéler les informations impliquant son père...
S02E08 - L'amour en fuite
Une jeune fille, qui a été le témoin privilégié d'un meurtre, recherche l'aide de Mike afin de la soustraire à la surveillance d'un policier corrompu, payé pour couvrir le crime et pour s'assurer de son silence sur l'affaire. Pendant ce temps, Marcellus a établi résidence sur le sofa de Mike puisque son différent marital continue de glisser sur la mauvaise pente...
S02E09 - Le voyage d'Ulysse
Jamie rencontre une amie qu'il n'avait pas vue depuis longtemps mais avec qui il était très proche. D'après ses habits et l'homme qui l'accompagne, Mike annonce à Jamie que la jeune fille se prostitue. Les deux compères décident d'aller voir les parents de la jeune fille. Mise à la porte de chez elle, Jessica se réfugie, en colère, chez Jamie, et lui fait des avances qu'il refuse... Marcellus récupère Cal, jeune garçon dont le père a été mis en prison il y a peu. Malmené dans le foyer où il a été envoyé, Cal a été sauvé par un certain Ulysse, un usurier véreux du quartier qui souhaite désormais avec le jeune garçon à sa botte...
S02E10 - Secret brûlant
Liz prie Mike d‘enquêter sur la mort de la fiancée d'un pompier, Nick, un ami à elle. A peine commence-t-il ses investigations que Mike entre directement en conflit avec le chef de la brigade. De son côté, Marcellus planche sur le dossier et recherche parmi les homicides répertoriés un point de comparaison avec celui de l'enquête. Ainsi, il relie ce meurtre à un autre commis deux ans plus tôt...
S02E11 - Règlement de comptes
Dans son taxi, Mike conduit un client russe, Vasily Yurchenko, pour un rendez-vous avec Mr Leung, au cours duquel l'homme manque de se faire assassiner. Mr Leung, à qui le russe a échappé, détient des photos où Yurchenko apparaît avec Mike; il contacte alors Zachary en pensant que Mike pourrait le conduire à son homme. C'est Liz qui est chargée de garder Mickael lorsque Zachary kidnappe le jeune garçon...
S02E12 - Le choix des armes
Mike est attaqué par un homme qui lui vole son argent et le menace d'une arme; un coup part dans la bagarre et l'agresseur est tué par son propre pistolet... Tout d'abord perçu comme un héros de l'auto-défense, Mike est tout de même poursuivi par la mère de l'agresseur et doit, pour sa défense, trouver des informations contre l'homme... De son côté, Jamie obtient sa licence de taxi et décide, pour se défendre, de se munir d'une arme, alors qu'il n'a pas de permis. Agressé à son tour par un homme, il le menace mais se fait voler le pistolet, que l'agresseur utilise par la suite dans le braquage d'un commerce et le meurtre du propriétaire... Au vu de ces affaires, chacun prend parti pour ou contre le port d'armes.
S02E13 - Bas les masques
Jamie retrouve Wilson, un ami d'enfance qu'il n'avait pas vu depuis longtemps ; à la sortie du bar, les deux jeunes hommes se font tabasser par quatre hommes en passe-montagne, qui les traitent de "pédales" avant de les laisser sur le parvis. Alors que Jamie s'apprête à prévenir la police, Wilson l'en empêche, mais le lendemain, Mike force son jeune protégé à porter plainte. Les deux policiers en charge de l'affaire rendent visite à Wilson, qui travaille avec son père, et le jeune homme est très mal à l'aise. Plus tard, il aborde son homo-sexualité avec Jamie, qui ne sait comment réagir envers son ami, mais qui reste déterminé à ne pas lâcher l'affaire, même si Wilson ne veut pas témoigner pour préserver son secret. De son côté, Mike fait appel à son ami Marcellus pour récupérer des plaintes similaires ; il se rend compte que les deux policiers ne font pas leur maximum pour trouver les coupables, et décide donc de mener l'enquête lui-même. Wilson, qui ne parvient toujours pas à parler à son père, retourne se promener dans le quartier gay, et tombe à nouveau sur un de leurs agresseurs...
S02E14 - Le Revers de la médaille
Mike intervient pour aider son cousin, pris dans la spirale infernale de l'accoutumance aux médicaments et d'envies de suicides alors qu'il combat un stress post-traumatique généré par son retour de la guerre menée en Irak.
S02E15 - Les liens du sang
Mike met à jour un réseau de trafic d'adoption lié à des rapts de bébés. Plus tard, il est contraint d'aider un client de Liz touché par ce commerce illégal. Un ancien drogué qui a définitivement tiré un trait sur son passé, motivé par la recherche de son enfant disparu. De son côté, Marcellus met un terme à son mal être quand il réalise que son obsession centrée sur le nouveau petit-ami de Déborah vient de bienplus loin.
S02E16 - Misty Blue
Lors d'une course, Mike conduit une femme, visiblement préoccupée, devant le club de steap-tease où elle travaille sous le nom de Misty Blue. Quand il s'aperçoit qu'elle a oublié son téléphone à l'arrière du taxi, il retourne au club mais le patron affirme ne pas l'avoir vue de la soirée. Inquiet, Mike mène l'enquête. La femme, nommée Molly, travaille la journée dans un cabinet d'avocats et le soir dans le club pour subvenir aux besoins de sa fille et de son ex-mari... De son côté, Marcellus reçoit la visite d'un vieil ami et père spirituel, Henry Baker, qui soupçonne son petit-fils de sombrer dans la délinquance. Le policier se trouve alors devant un cas deconscience : l'adolescent est impliqué dans une affaire debraquage...
S02E17 - Femme fatale
Lors d'une course en compagnie d'un homme sortant d'un échec amoureux, Mike évoque sa rencontre avec une femme mystérieuse et vorace dont le mari, atteint d'une tumeur inopérable, a souhaité organiser son propre assassinat en faisant appel à un tueur à gage. Du nom de Célia, cette femme fatale se trouvait être la maîtresse du meilleur ami de son mari et l'heureuse bénéficiaire d'une double assurance vie.
S02E18 - The Reckoning
Un trafiquant de drogue, Danny Jannik, que Mike et Marcellus n'avaient pu arrêter qu'illégalement en cachant de la drogue chez lui, sort de prison et décide de se venger. L'homme va ainsi agresser et tuer des hommes en laissant la carte de visite de Mike, pour que ce dernier soit suspecté. Plus encore, Jannik décide de s'attaquer à Liz et à Jamie pour atteindre Mike