La série marque les retrouvailles de Chris Fedak et Sam Sklaver, qui se sont rencontrés sur Cameron Black : l’illusionniste. Ils ont immédiatement souhaité collaborer sur un nouveau projet ensemble et ont ainsi élaboré le concept de Prodigal Son. "Nous nous sommes interrogés sur nos parents, sur la façon dont les parents affectent les enfants… Nous nous sommes alors demandés : et si un tueur en série était aussi un bon père ?", raconte Sam Sklaver.
Les créateurs de la série se sont bien évidemment appuyés sur des consultants de la NYPD, ainsi que sur des experts en psychologie issus de la Behavioral Analysis Unit. Il s’agit d’un département du FBI qui utilise les sciences comportementales dans ses enquêtes criminelles.
Si Finn Jones a d’abord été choisi pour le rôle de Malcolm Bright lorsque Prodigal Son n’en était qu’au stade du pilote, la production a finalement décidé de le remplacer par l’acteur Tom Payne.
Afin de rentrer dans la peau de leurs personnages, Frank Harts et Aurora Perrineau sont passés par une formation sur les armes à feu. Par ailleurs, la comédienne a pu compter sur l’une de ses connaissances personnelles : "J’ai une amie qui travaille dans une unité spéciale. J’ai basé mon personnage sur elle, la façon dont elle parle, s’habille, marche et tout le reste."
La série a été tournée à New York. Les plans extérieurs du Claremont Psychiatric Hospital sont, en réalité, les appartements Findlay Teller dans le Bronx.