Sur les terres du Japon, le Seigneur Daigo Kagemitsu pactise avec 12 démons, et échange son fils à naître contre la prospérité de son peuple. L'enfant, malformé, est laissé pour mort sur la rive. Des années plus tard, Dororo, un jeune voleur, rencontre Hyakkimaru, un adolescent capable de voir les démons.
Au Japon, durant la période des guerres, le seigneur Daigo offre son fils à naître à 12 démons, en échange de la prospérité. Seize ans plus tard, le petit Dororo est attaqué par une goule, puis sauvé par un garçon mystérieux dont le corps s'avère presque entièrement constitué de prothèses.
S01E02 - L'histoire de Bandai
Dororo et Hyakkimaru arrivent dans un village. Ils sont conduits devant la cheffe, Madame Bandai. Pourtant, sans aucune raison, Hyakkimaru dégaine son épée face à elle. Lui et Dororo sont enfermés par les villageois dans un entrepôt. Il s'avère qu'ils n’y sont pas les seuls prisonniers ...
S01E03 - L'histoire de Jukai
Jukai est médecin. Il parcourt le pays en posant des prothèses de bras et de jambes à ceux qui les ont perdu à la guerre. Un jour, sur la rive, il découvre un bébé privé de la plupart de ses membres. Il décide d'élever l'enfant, qu'il baptise "Hyakkimaru", et lui fournit des prothèses.
S01E04 - L'histoire de l'épée maudite
Dororo et Hyakkimaru font face à Tanosuké, un meurtrier qui brandit une épée maudite renfermant un démon. Hyakkimaru parvient tant bien que mal à repousser Tanosuké. Mais la lame du démon tombe entre les mains de Dororo, dont elle prend le contrôle.
S01E05 - L'histoire de la chanson de Moriko (Partie 1)
Luttant pour s'adapter à un monde «sonore» inconnu, Hyakkimaru est blessé dans une bagarre avec une goule. Il est soigné par Mio, une fille qui s'occupe d'enfants orphelins de guerre. Pendant ce temps, Hyakkimaru, pas encore rétabli, apprend qu'un démon vit à proximité et se prépare à le combattre.
S01E06 - L'histoire de la chanson de Moriko (Partie 2)
Hyakkimaru retrouve sa voix dans un combat avec un démon, mais perd sa jambe. Après être retourné dans le temple en ruines pour permettre à ses blessures de guérir, il entreprend une nouvelle fois d'affronter le démon. Pendant ce temps, Mio et les enfants attendent au temple.
S01E07 - L'histoire de Jorogumo, l'araignée de soie
Jorogumo, une goule en forme d'araignée, est blessée par Hyakkimaru. Pour se soigner, elle se transforme en femme et profite de l'hospitalité d'un jeune homme nommé Yajiro. Dororo et Hyakkimaru s’arrêtent dans un village où ils entendent des rumeurs sur un ravisseur en fuite.
S01E08 - L'histoire de Saru
Dans un village, les jeunes filles sont offertes en sacrifice afin d'apaiser un gigantesque mille-pattes enveloppé de nuages noirs. Hyakkimaru et Dororo font équipe avec Saru, un garçon dont la sœur aînée a été offerte en sacrifice. Ensemble, ils affrontent le démon.
S01E09 - L'histoire de la cruauté
Dororo est frappé par une forte fièvre. Etourdi par celle-ci, Dororo entrevoit brièvement des lys d'araignée rouge, qui lui rappellent les jours passés avec ses parents, Hibukuro et Ojiya.
S01E10 - L'histoire de Tahomaru
Un village du domaine de Daigo est terrorisé par une goule qui habite un lac voisin. Tahomaru, accompagné de ses conseillers, Hyogo et Mutsu, se porte volontaire pour exterminer la goule.
S01E11 - L’ histoire de Banmon (Partie 1)
Après être entrés dans le domaine de Seigneur Daigo, Dororo et Hyakkimaru entendent les récits de Banmon, immense mur qui constitue le dernier vestige d’un fort qui se trouvait autrefois à la frontière. Hyakkimaru se prépare à combattre le démon renard qui hante le mur.
S01E12 - L'histoire de Banmon (Partie 2)
Kagemitsu a offert son propre fils aux démons. Hyakkimaru, lui, tente de récupérer les parties du corps qui lui ont été enlevées. Comme si le destin les unissait, ils se font face.
S01E13 - L'histoire du bouddha sans visage
Après avoir quitté le domaine de Daigo, Dororo trouve une statue de Fudo, l'un des dieux de la sagesse. Mais la statue est en réalité une goule qui capture les visages humains dans le but de s’en procurer un.
S01E14 - L'histoire de Sabamé
Dans un temple abandonné et incendié, Dororo et Hyakkimaru rencontrent Sabamé, un homme qui règne sur les environs. Il les invite à son manoir et leur raconte l'histoire du temple incendié et de la goule qui le hante. Dororo et Hyakkimaru le soupçonnent de ne pas dire la vérité.
S01E15 - L'histoire de la scène de l'enfer
Sabame nourrit les démons pour protéger le village sur lequel il règne. Tandis que Hyakkimaru affronte à nouveau les papillons démoniaques, Dororo se retrouve piégé dans un entrepôt.
S01E16 - L'histoire de Shiranui
Dororo a été capturé par Itachi. Il est emmené au cap où Hibukuro aurait caché l'argent. Alors qu'Itachi et ses hommes cherchent des bateaux pour se rendre au cap, ils sont approchés par un garçon à un bras nommé Shiranui.
S01E17 - L'histoire des questions-réponses
Jukai se retrouve avec un Hyakkimaru ensanglanté sur le site d'une bataille récente. Il découvre la vérité sur les liens qui unissent Hyakkimaru et ses démons. Hyakkimaru demande à Jukai une nouvelle jambe prothétique.
S01E18 - L'histoire du cap d'impermanence
Le démon requin rugit et attaque Dororo, ligoté et incapable de bouger. Pendant ce temps, une troupe de soldats commandés par Tahomaru s'approche aussi du cap.
S01E19 - L'histoire du Amanojaku
Pour réparer l'épée brisée de Hyakkimaru, lui et Dororo se rendent dans un village où vit un maître forgeron d'épées, Munetsuna. Une fois chez lui, ils sont accueillis par sa fille, Okowa.
S01E20 - L'histoire de la Nue
En parcourant un sentier de montagne à la recherche d'un démon, Dororo et Hyakkimaru rencontrent un jeune homme nommé Point à Dés Saburota. L'homme affirme qu'il pourchasse aussi le démon et ils partent l'exterminer ensemble.
S01E21 - L'histoire de briser le cycle de la souffrance
Daigo Kagemitsu continue de se préparer à la guerre avec le pays voisin d'Asakura. Après avoir appris que Hyakkimaru s'approche de son domaine, Kagemitsu envoie Tahomaru se débarrasser de lui.
S01E22 - L'histoire de Nui
À l'intérieur du château de Daigo, Lady Nui apparaît devant la cellule dans laquelle Dororo a été emprisonné. Pendant ce temps, Hyakkimaru s'approche également du château pour tenter de reprendre son corps et Dororo.
S01E23 - L'histoire des démons
Hyakkimaru se retrouve face à Tahomaru, Mutsu et Hyogo, possédés par le pouvoir des démons. Dororo, Lady Nui et Biwamaru se précipitent sur les lieux où ils assistent à une bataille féroce qui déterminera l'avenir du pays de Daigo.
S01E24 - L'histoire de Dororo et Hyakkimaru
Hyakkimaru et Tahomaru, les deux frères héritiers, s'affrontent dans le château de Daigo, en flammes. Dororo, Jukai et Lady Nui partent les retrouver, le coeur lourd.