Avant de rejoindre l'Agence, Dazai était l'un des capitaines de la Mafia Portuaire et n'avait que deux amis proches : Sakunosuke Oda et Ango Sakaguchi. Un jour, Sakaguchi disparaît sans laisser de traces. Ne pouvant se permettre de perdre leur informateur, Mori Ôgai, le parrain de la Mafia, décide d'envoyer Oda à sa recherche. Pendant ce temps, l'une des principales armureries de la Mafia est attaquée par une mystérieuse organisation.
Ce début de saison nous envoie directement dans le passé de Dazai, à l'époque où il faisait encore partie de la mafia portuaire.
S02E02 - Là où on ne peut plus retourner
Le flash-back continue avec la traque de l'organisation criminelle qui en a après la mafia portuaire. Odasaku est toujours à la recherche d'Ango.
S02E03 - Un jour, j'aurai vue sur la mer
Des informations sur le leader de Mimic et son pouvoir sont révélées, tout comme sur l'autre faction qui se cache derrière Ango… Dazai et Oda ne savent toujours pas où cela va les mener, mais Mimic pousse ce dernier à prendre une décision importante…
S02E04 - Le chien errant de la littérature
Odasaku a enfin pris sa décision. Pendant qu'il se dirige droit vers le commandant de Mimic, Dazai essaie de convaincre le boss de la mafia portuaire de préparer une équipe pour sauver son ami. Cependant, il apprend par cet entretien l'identité de celui qui tirait les ficelles dans l'ombre...
S02E05 - La triade des sociétés
De retour au présent, Kyôka, nouvelle recrue de l'Agence, se voit confier sa toute première mission en tant que membre des détectives armés. Cette dernière n'étant pas habituée aux missions sans effusion de sang a du mal à en venir à bout.
S02E06 - The Strategy of Conflict
Deux membres de la Guilde s'occupent de ravitailler le bateau qui leur fait office de base. Ils sont interrompus par la mafia portuaire qui compte bien leur donner une bonne leçon. Mais cette dernière ne s'arrête pas là...
S02E07 - Will of Tycoon
John et Lovecraft sont à la recherche de Naomi et Haruno, les employées de bureau de l'Agence. Grâce à son pouvoir, John peut les localiser et parvient à les capturer. C'est alors que Kunikida et Tanizaki, deux détectives de l'Agence, font leur entrée et se frottent aux deux membres de la Guilde.
S02E08 - Le cerveau peut se tromper
Francis, le chef de la Guilde, a enfin mis la main sur Atsushi qu'il convoitait tant. Du moins, c'est ce qu'il croit avant l'arrivée de Kyôka, cette dernière étant bien déterminée à sauver son ami.
S02E09 - Double noir
Atsushi fait part de son idée d'alliance à Fukuzawa. Ce dernier semble d'accord de rencontrer le parrain de la mafia portuaire pour discuter. Alors que cette rencontre laisse place à quelques frictions, Dazai et Chûya se retrouvent face à la guilde pour sauver Q et empêcher un autre massacre.
S02E10 - Poe et Ranpo
Poe est déterminé à défier Ranpo dans un duel où le plus intelligent l'emportera. Au même moment, Dazai décide d'envoyer Atsushi en mission d'infiltration que lui seul peut mener à bien. Cependant, un ennemi qu'il connaît bien croise encore une fois son chemin.
S02E11 - Rashômon, le tigre et le dernier magnat
Akutagawa, Atsushi et Francis se confrontent, alors que Moby Dick n'est qu'à une dizaine de minutes de s'écraser sur le centre-ville de Yokohama.
S02E12 - Si je peux enfin me débarrasser de ce fardeau
L'issue du combat final opposant Atsushi et Akutagawa à Francis se rapproche de la fin.