Alors qu'il travaillait sur une mystérieuse affaire de disparition, le jeune photographe Kotaro Higashi prend une photo prouvant la responsabilité d'aliens. Accompagné de sa petite amie Izumi, il apporte sa trouvaille à la Patrouille scientifique, mais un événement inattendu fait de lui un surhomme doté d'incroyables pouvoirs. C'est alors qu'une imposante arme cosmique apparaît devant cet Ultraman à taille humaine…