Après qu'une jeune femme ait été tuée sur le chemin du retour d'une somptueuse fête sur un yacht, l'équipe enquête pour savoir qui elle était et comment elle s'est retrouvée à cet événement, auquel participaient certaines des personnes les plus influentes du monde. Maggie fait également appel à Crosby après que le suspect du meurtre ait été identifié comme un vétéran ayant participé à plusieurs opérations militaires avec ce dernier.
Une femme est retrouvée morte peu après avoir quitté une soirée organisée sur un yacht. Très vite, les agents font le lien avec la disparition d'une adolescente, elle aussi présente sur le bateau la veille. Visiblement, Nicole Wyatt, la victime assassinée, prostituait de jeunes filles. L'enquête va alors révéler l'implication d'un richissime homme d'affaires…
S04E02 - Cyberattaque
Tyler, le fils de Jubal, est à l'hôpital pédiatrique de New York pour son traitement contre le cancer lorsque, soudain, le courant se coupe. Le hacker responsable de cette cyberattaque demande alors au FBI de retrouver un tueur en série comme condition pour rétablir les systèmes des six hôpitaux qu'il a piratés…
S04E03 - Le club des vétérans
Une série d’explosions survient dans des établissements fédéraux. Le FBI établit rapidement un lien entre ces bombes artisanales et un club de vétérans mécontents, qui se retrouvent dans un bar pour se plaindre du traitement que leur réserve le gouvernement depuis leur retour du combat…
S04E04 - Connais-toi toi-même
Un jeune homme est retrouvé mort, partiellement enterré dans un parc. Après quelques recherches, quatre autres tombes sont mises à jour. Toutes les victimes ont le même profil : ce sont des hommes jeunes, noirs et homosexuels...
S04E05 - Mariage modèle
Après l'enlèvement d'une riche héritière à son domicile pendant que son mari était en déplacement, l'équipe se penche sur l'intimité d'un mariage apparemment parfait. OA ressent la pression de Mona concernant son parcours professionnel.
S04E06 - La loi du silence
Le FBI est à la recherche d'un tireur à vélo qui essaye de tuer des policiers de la même unité, dans un contexte d'émeutes contre les violences policières. Influencée par son passé dans la police, Tiffany refuse d’y voir une possibilité de corruption que ses collègues, eux, n'ont aucun mal à envisager…
S04E07 - L'enlèvement
Une fillette de cinq ans a été enlevée dans sa garderie par un homme masqué. L'équipe découvre rapidement que les parents de l'enfant ont une dette envers un chef de gang local… Durant l'enquête, Maggie a du mal à se concentrer à cause du retour de sa sœur de centre de désintoxication.
S04E08 - Pour l'amour d'un frère
Appelée sur une scène de crime, l'équipe découvre de quoi fabriquer une gigantesque bombe dans la cave de la victime. Une piste mène le FBI à Hannah et à son petit ami, un terroriste vénézuélien qui l'a manipulée pour préparer un attentat…
S04E09 - Pris pour cible
Rina se fait tirer dessus en plein jour alors qu'elle était devant chez elle. Jubal est dévasté. L'équipe n'arrive à trouver aucune trace de la présence d'un tireur, et pour cause : il s'agit d'un appareil mitrailleur automatique à reconnaissance faciale, ayant pour cible tous les agents du FBI de cette équipe, ainsi que leur famille…
S04E10 - Une famille de cœur
Alors que l'équipe enquête sur une série de braquages de bijouteries dont le dernier se solde par un double meurtre, une piste mène les enquêteurs vers un adolescent vivant dans une famille d'accueil...
S04E11 - Le chagrin d'un père
À l'hôpital, Rina succombe à ses blessures après que ses parents ont décidé de la débrancher. Un choc pour Jubal, qui se réfugie dans le travail, et Isobel qui la considérait comme faisant partie de la famille. L’équipe mène une chasse à l’homme pour retrouver une étudiante kidnappée.
S04E12 - Sous pression
Après les meurtres d’un lieutenant de police et un conseiller municipal dans un attentat à la bombe, Maggie infiltre un bar pour enquêter sur des extrémistes suspectés d'avoir posé des bombes pour contester l'autorité de l'État.
S04E13 - Orgueil et préjugés
Deux frères pakistanais se sont fait agresser dans leur appartement. L'un est mort et l'autre est grièvement blessé. La police demande l'aide du FBI sur ce qui leur semble être un crime raciste. Les agents commencent par interroger l'imam de la mosquée que fréquentaient les frères, qui se trouve être aussi l'imam d'OA. Les victimes avaient apparemment reçu des menaces de mort…
S04E14 - Ambition
Une bombe explose dans les locaux d’une fondation qui défend le contrôle des armes. Ann Tasker, responsable de la fondation, était visée par une organisation au service du lobby des armes et harcelée sur les réseaux. Les agents découvrent que l'un de ses membres, David Moder, est sans doute impliqué et qu'une deuxième bombe doit exploser…
S04E15 - Les liens du sang
L’équipe enquête sur le meurtre d’une jeune femme lorsque d’autres victimes, tuées avec le même mode opératoire, font surface dans plusieurs villes du pays. Menant leur enquête, les agents vont découvrir un lien avec le père d'Isobel, Robert, qui travaille pour une chaîne d’hôtels…
S04E16 - Protection rapprochée
Un agent de l'immigration est tué lors d’un match de hockey caritatif opposant son agence à la DEA. L’équipe tente d’identifier le tireur qui, selon elle, aurait pu viser le membre du Congrès Curtis Grange qui était présent au match.
S04E17 - Le deal
Un jeune couple est retrouvé mort après avoir passé de la drogue à son retour du Mexique. Stuart Scola et Tiffany Wallace suivent la piste de l'homme qui est allé les chercher à l'aéroport, Benny Gomez, lorsqu’ils tombent sur l’agent Nina Chase, qui est sous couverture pour faire tomber un baron de la drogue et dont Gomez est l'indic…
S04E18 - Prise au piège
L'équipe découvre que du gaz sarin, l'une des armes chimiques les plus mortelles au monde, a été vendu à des terroristes qui comptent s'en servir à New York pour venger leurs familles des frappes américaines en Syrie. Témoin des effets dévastateurs de cette arme à Mossoul, Omar va devoir faire face à l'une de ses plus grandes peurs…
S04E19 - Démasqué
Lorsqu’une célèbre animatrice de télévision est assassinée et que plusieurs meurtres au même mode opératoire ont lieu, l'équipe comprend qu’un tueur en série s'attaque à des femmes puissantes. Durant l’enquête, l'agent Nina Chase remplace Maggie pendant sa convalescence.
S04E20 - Le fantôme du passé
L’équipe enquête sur le meurtre d’une femme agent de sécurité qui était corrompue et avait laissé passer une mule à l’aéroport. Le FBI remonte la piste jusqu’à un restaurant, où OA croit reconnaître un terroriste qu'il a traqué en Afghanistan et a été déclaré mort par les services de renseignements…
S04E21 - L'indic
Un ancien agent de la DEA est abattu alors qu’il devait témoigner lors d’un procès contre un vaste réseau de trafiquants de drogue. Lorsque deux autres témoins se font tuer, l'équipe se tourne vers Kayla, la petite amie du chef de la branche new-yorkaise.