L'équipe accueille un nouveau membre alors qu'ils continuent d'enquêter sur des affaires d'une ampleur considérable, notamment le terrorisme, le crime organisé et le contre-espionnage.
L'équipe accueille un nouveau membre alors qu'ils sont à la recherche des tueurs derrière la fusillade de masse dans une compagnie de media. La connexion personnelle d'OA avec l'affaire risque de brouiller son jugement.
S03E02 - Face au doute
L'équipe fait la course contre la montre pour arrêter un serial killer lorsque trois femmes sont retrouvées au fond d'un lac. Jubal rouvre une vieille affaire classée car il y a de multiples similarités avec les victimes récentes.
S03E03 - Coup de bluff
Lorsque le chef d’un cartel de la drogue, l’un des hommes les plus recherchés au monde, Antonio Vargas, est appréhendé par l’équipe, tout le siège du FBI est en alerte alors que ses hommes de main mettent en place un plan terroriste pour le libérer. Pendant la tourmente, Isobel doit faire un choix difficile entre sa conscience et sa carrière.
S03E04 - Fou d'amour
Une fusillade lors d'une quinceañera fait deux morts, mais l'équipe pense qu'ils n'étaient peut-être pas les cibles prévues. De plus, Maggie est prise au piège alors que les agents décident du meilleur plan d'action pour utiliser leur témoin afin d'abattre un suspect.
S03E05 - Un si lourd secret
Alors que l'équipe recherche une jeune fille qui a été enlevée dans une cabane durant ses vacances familiales, elle découvre que l'enlèvement pourrait être lié à un squelette dans le placard de sa famille. Pendant ce temps, Maggie remet également en question sa relation avec Nestor lorsqu'elle apprend qu'il n'a pas été complètement honnête avec elle.
S03E06 - Borderline
L'équipe doit infiltrer un gang de trafiquants de drogue après que le braquage d'une usine chimique ait fait deux morts parmi les agents des douanes. De plus, Nestor offre son aide sur l'affaire, donnant à Maggie un nouvel aperçu de sa personnalité.
S03E07 - Conflit Intérieur
Alors que l'équipe chasse un tueur qui tire mortellement sur des cibles apparemment sans rapport, une expérience sur le terrain permet à la nouvelle agent, Tiffany Wallace, d'examiner la tension entre sa carrière d'agent spécial du FBI et la responsabilité qu'elle ressent envers sa communauté en tant que femme noire.
S03E08 - Principal suspect
Après qu'une bombe ait fait trois morts, l'équipe presse un informateur réticent à recueillir des informations auprès de ses amis proches soupçonnés d'en être les responsables. De plus, OA rencontre des tensions dans sa relation avec sa petite amie, Mona, lorsqu'ils s'opposent sur la question de savoir où se situent les droits de l'informateur.
S03E09 - Le Cœur et la raison
Lorsqu'un journaliste politique est kidnappé et détenu sans demande de rançon, l'équipe doit fouiller dans ses relations passées afin de déterminer le mobile de son agresseur. De plus, la relation d'Isobel est mise en cause lorsque l'affaire établit un lien avec son petit ami, Ethan.
S03E10 - Le chien et le rat
L'équipe doit traquer deux assaillants qui portent des masques d'animaux lorsqu'ils commettent des vols à main armée, le dernier ayant entraîné la mort d'un agent de sécurité de la 26 Fed qui n'était pas en service. De plus, Tiffany et Scola se demandent s'ils doivent accepter ou non l'offre de la police locale de New York de les aider dans leur enquête.
S03E11 - Frères et sœurs
Après qu'un homme ait été tué par un colis explosif expédié à son domicile, l'équipe tente de capturer l'expéditeur et d'intercepter son dernier colis mortel. De plus, Maggie essaie de croire que sa jeune sœur, Erin, évite vraiment les problèmes alors qu'elle vient étudier à New York.
S03E12 - Au nom du fils
L'équipe se précipite pour retrouver deux médecins enlevés par un père désespéré prêt à tout pour sauver son fils. Par ailleurs, l'incertitude de Jubal quant à sa vie familiale affecte son jugement lors de la prise d'otages.
S03E13 - Les loups de Wall Street
Lorsque le PDG d'une importante société de courtage est tué par balle alors qu'il est entouré de manifestants, l'équipe cherche à savoir qui avait le plus à perdre des manipulations perçues de sa société. En outre, la carrière antérieure de Scola à Wall Street et les raisons de son départ sont révélées lorsque les détails financiers de l'affaire commencent à se dévoiler.
S03E14 - L'effet domino
Tout en enquêtant sur un incident faisant un grand nombre de blessés dans un restaurant de la ville de New York, l'équipe se démène pour déterminer s'il était motivé par la race et s'il y avait plus d'un tireur. Maggie commence à remarquer le comportement troublant de sa collègue, Elise.
S03E15 - Quinte flush
Lorsque cinq hommes importants sont abattus dans un restaurant branché de New York, l'enquête de l'équipe les met en contact avec un lieutenant du cartel d'Antonio Vargas, ce qui provoque entre Isobel et Vargas une confrontation attendue depuis bien longtemps.