A la suite du départ de l'agent Mosier, Isobel Castille prend en charge la direction du FBI de New York. L'équipe est complétée par un nouvel agent, Stuart Scola, qui accompagne l'ex-analyste, Kristen Chazal, qui a obtenu son badge à la suite de sa formation. Ensemble leur mission reste la même, protéger la ville et mettre fin à tous les dangers qui peuvent guetter les habitants de la Grande Pomme.
Après qu’une bombe ait explosé dans un restaurant du Queens, l’affaire devient personnelle pour OA, qui a souvent mangé là-bas durant son enfance. Il s’infiltre incognito afin d’empêcher un autre incident.
S02E02 - Derrière l'écran
Après le kidnapping du fils d’une célèbre blogueuse, l’équipe doit fouiller dans ses 2 millions de followers pour trouver le coupable. Kristen continue de s’habituer à la vie d’agent de terrain avec son nouveau partenaire Stuart Scola.
S02E03 - Justice pour personne
Après qu'une candidate à la présidence est victime d'un attentat à la voiture piégée, OA Zidan et Maggie Bell doivent trouver les coupables avant qu'ils ne récidivent. L'affaire les conduit à s'interroger sur les motivations des auteurs des faits. S'agit-il de raisons personnelles ou politiques ?
S02E04 - Les Aveux
Une tuerie a eu lieu dans un nightclub. Il semblerait que le FBI a négligé de tenir compte de précédentes menaces de la part d'un groupe local de suprématistes blancs. L'engagement de Kristen est plus que jamais d'actualité et elle se sent une responsabilité vis-à-vis de sa communauté.
S02E05 - Sortie de route
Époux et père de deux enfants, Jim Russo est kidnappé après s'être impliqué accidentellement dans des transactions illégales qui vont bien au-delà de ce qu'il pouvait imaginer. De son côté, Jubal Valentine se voit dans l'obligation prendre une décision particulièrement difficile concernant l'avenir de sa famille.
S02E06 - Tu es un homme mort
Après le meurtre d'un investisseur de Wall Street, l'équipe est menée vers un réseau interne de traders qui utilisent des méthodes non conventionnelles pour obtenir des informations. OA peine à maintenir la confidence dans sa relation naissante avec Mona.
S02E07 - Secret médical
Quand un membre du conseil d'une compagnie de technologie médicale sur le point d'être lancée est assassiné, l'équipe essaie de déterminer qui profite le plus de sa mort. OA se retrouve dans une situation conflictuelle lorsque sa volonté d'aider une famille le positionne en contradiction avec sa conviction qu'il faut dire la vérité.
S02E08 - Nom de code : Ferdinand
Quand l'équipe enquête sur les circonstances de la mort d'un photographe dans un accident de voiture, elle réalise que les apparences sont trompeuses et que l'affaire est plus complexe qu'elle ne le paraît. Maggie sympathise avec la veuve du défunt, Annie Weber, lorsqu'elle constate des similitudes avec la mort de son mari.
S02E09 - Patrick Miller a disparu
Après une altercation avec un étudiant, Patrick Miller, un professeur, est porté disparu. L'équipe enquête sur le jeune homme et les autres personnes susceptibles de lui en vouloir. Un témoin clé dans l'affaire intervient pour apporter son aide, et Maggie fait tout ce qu'elle peut pour assurer la sécurité de ce témoin.
S02E10 - Faute d'attention
Une ancienne victime de kidnapping est liée à une série de meurtre qui implique la fille d'un détective de la NYPD. Kristen doute de ses capacités professionnelles après qu'un exercice l'a troublée.
S02E11 - Répercussion
Lorsqu'un businessman auteur de harcèlement sexuel est assassiné, l'équipe pense que le crime a peut-être été commis par l'une de ses victimes. Les agents spéciaux vont fouiller dans le passé de l'homme. L'enquête va réserver quelques surprises de taille à ces professionnels pourtant aguerris.
S02E12 - Deepfake
Un braquage de banque mène l'équipe à un coffre-fort dont le contenant a le potentiel de détruire la sécurité nationale. Kirsten est impatiente de retourner à son travail de terrain alors que les autres membres de l'équipe ont encore des doutes.
S02E13 - Le Prix à payer
Le fils d'un agent du FBI à la retraite est kidnappé et l'équipe est chargée d'enquêter. Elle mène des investigations afin de savoir s'il s'agit d'un acte de vengeance. De son côté, Isobel va se voir contrainte de passer un appel difficile lorsqu'une information surgie du passé est portée à sa connaissance
S02E14 - Studio Gangster
Lorsqu'un avocat américain est retrouvé mort à quelques pas du corps d'une escort girl, l'équipe entame des recherches pour savoir s'il existe un lien entre les deux défunts. La relation de Jubal avec l'une des victimes donne un angle plus personnel à l'affaire.
S02E15 - Opération Mensor
Après qu’un camion rempli de fusils à munitions perforantes soit détourné, l’équipe travaille pour découvrir qui l’a volé et ce qu’ils planifient de faire avec les armes. Un ami du passé militaire d’OA refait surface afin de les aider mais OA n’est pas sûr de pouvoir lui faire confiance.
S02E16 - La Panic Room
Lorsque la police ignore le cri d’aide d’un père désespéré, il kidnappe la fille d’un milliardaire et la tient en otage dans une salle quasi-inviolable jusqu'à que son propre enfant disparu lui soit rendu. Jubal met à l’épreuve ses capacités de négociation d’otages.
S02E17 - Promesses brisées
Sur la scène d’un meurtre, l’équipe suspecte rapidement un motif politique mais lorsqu'un autre meurtre arrive, ils doivent découvrir les éléments en commun avant que les corps ne commencent à s’empiler. Maggie envisage une décision qui pourrait affecter toute sa carrière.
S02E18 - Le Rêve américain
Jess LaCroix et son équipe viennent aider OA à retrouver un fugitif, après la disparition d'un bus avec 26 élèves. Il s'agit d'un suprémaciste blanc que LaCroix avait arrêté il y a des années... 1ère partie d'un crossover avec l'épisode 1.09 de Most wanted criminals.
S02E19 - Une erreur de jeunesse / Sous emprise
L’équipe du FBI enquête sur un deal de drogue qui a mal tourné après la découverte du corps d’un étudiant. La détective Hailey Upton rejoint l’équipe temporairement et se rend compte que ses méthodes habituelles d’enquête ne correspondent pas à l’environnement plus conservateur du Bureau. Crossover avec la série "Chicago Police Department".