L'équipe de la police scientifique de New York enquête sur la mort d'un chef des pompiers lors d'un incendie ressemblant à ceux d'un pyromane récemment libéré sur parole.
S09E02 - A vif
Rita Lowman se retrouve prisonnière dans un ascenceur, alors que des flammes sont en train de se propager dans la cabine. La malheureuse meurt carbonisée. D'après les premiers éléments de l'enquête, le mode opératoire de l'incendiaire correspond à celui de Leonard Brooks. Les experts se rendent dans son appartement, mais trouvent les lieux vides. Parallèlement, la presse s'empare de l'affaire pour en faire ses gros titres et affirme que Brooks a tué une innocente. Mais le suspect contacte Mac pour lui faire savoir qu'il n'est pas d'accord avec ses affirmations. D'après lui, sa victime n'avait rien d'une innocente...
S09E03 - La fille de San Francisco
Un homme, Ethan Grohl, gît sans vie sur le pont de Brooklyn. Sur lui, les enquêteurs découvrent des photos d'une adolescente : la jeune fille a été violée, et elle est peut-être même morte. Grâce à une lentille de contact, Adam parvient à extraire l'ADN de Boyd Hackman, déjà connu des services de police. Le reste de l'équipe se concentre sur l'analyse des clichés et l'inventaire des communications téléphoniques passées par Ethan Grohl. Cette enquête sensible touche particulièrement Jo, qui vit une période de conflits avec sa fille...
S09E04 - Silence de mort
Lindsay et sa famille assistent à un meeting organisé dans le cadre de la campagne de Grant Hamilton, candidat au Sénat. Soudain, un inconnu ouvre le feu, blessant l'homme politique, avant de prendre la fuite. Il saute par-dessus une barrière, déboule dans une ruelle où il se débarrasse de son arme. Dans la panique généralisée, Lindsay est blessée. Plus grave, des enfants trouvent l'arme et, en jouant avec, une fillette se tue. Grâce aux indices, les enquêteurs de la police scientifique parviennent à identifier le tireur : il s'agit d'Evan Wescott, un instituteur. Fait étonnant, il se serait trompé de cible...
S09E05 - Un sombre anniversaire
Mac rouvre une enquête : un homme a été retrouvé mort vingt ans jour pour jour après la disparition d'un enfant, le petit Tommy. Or le défunt était aussi le principal suspect dans cet enlèvement, même si les enquêteurs n'ont jamais réussi à étayer leurs soupçons. Parallèlement, Flack profite de son dernier jour de congé pour déjeuner avec sa grand-mère. Celle-ci lui remet des affaires qui ont appartenu à son père. Notamment une lettre qui va peut-être permettre à Flack de se réconcilier avec sa soeur et de faire la paix avec son passé tourmenté...
S09E06 - La dame du lac
Afin d'occuper deux petites filles qui patientent au poste de police, Adam leur raconte une enquête sur laquelle il travaille. Après avoir vidé le lac situé près du château du Belvédère pour retrouver une arme, l'équipe de Mac a fait un bien macabre découverte : une jeune femme en robe de bal gisant sans vie dans l'épave d'une barque. En parallèle, Adam s"interroge sur la provenance d'un étrange morceau de métal. Il n'en faut pas plus pour que les fillettes imaginent une histoire de princesse et de vaisseau spatial...
S09E07 - Jeu de meurtres
Mac et son équipe sont confrontés à des meurtres mis en scène de manière étrange. Alors que rien ne semblait les lier de prime abord, Mac comprend qu'il s'agit de l'oeuvre d'un seul tueur qui reproduit une partie de Cluedo. Il ne reste plus qu'à jouer la partie contre lui en espérant avoir un coup d'avance...
S09E08 - Réussite sur ordonnance
En pleine préparation de leur examen de fin de cycle, des adolescents sniffent des pilules d'amphétamines pour doper leurs capacités. Peu après, un autre lycéen, Luke Stevenson est retrouvé mort dans la bibliothèque de l'école. En examinant le corps, les experts décèlent la présence de drogue, alors que le garçon ne suivait aucune médication. Les empreintes retrouvées sur son sac sont celles de Billy Wharton, un petit trafiquant qui prétend que Luke lui a volé ses médicaments et l'accuse d'avoir triché durant l'examen. De son côté, Lindsay retourne chez elle pour s'occuper d'affaires qu'elle doit régler...
S09E09 - L'infiltrée
En prenant un bus pour se rendre au travail, le détective Jamie Lovato reconnaît une femme prénommée Carmen. Cette dernière travaillait autrefois comme agent infiltré dans un gang de rue, le Trinitario. Témoin d'une violente altercation entre deux hommes, Jamie Lovato intervient pour gérer la situation en se présentant comme officier de police. Carmen profite de la confusion générale pour prendre discrètement la fuite. Lovato se demande alors si cette rencontre fortuite n'a mis personne d'autre en danger...
S09E10 - Bar clandestin
Les experts enquêtent sur le meurtre de Jason Black, copropriétaire d'un bar clandestin et populaire appelé «The Real McCoy». L'homme a été dépouillé d'une grosse somme d'argent. En étudiant le corps, Hawkes découvre des traces de sang sur la montre du défunt. L'analyse ADN de l'échantillon permet à l'équipe de remonter jusqu'à un certain Nathan Brody. Les experts découvrent également que de l'alcool contrefait contenant du méthanol circulait au sein du bar. De son côté, Adam essaie de régler des problèmes non résolus tout en s'occupant de son père malade. Suivant les conseils de Christine, Mac décide de profiter de son jour de liberté...
S09E11 - Who's there
Deux individus sont retrouvés morts, assassinés selon le même modus operandi, totalement extravagant, incluant une étrange puce. Dans le même temps, des chèques anonymes d'un montant d'un million de dollars sont disséminés aux quatre coins de la ville par un mystérieux bienfaiteur qui se fait appeler «L'ange gardien»...
S09E12 - Mise en scène
Mark Riley, un brillant officier de police apprécié de tous, est tué pendant un braquage. Chargés de l'enquête, les experts s'intéressent à un dénommé Anthony Lombardo, suspecté d'être impliqué dans cette affaire. L'individu prétend avoir été blessé par balle lors de l'attaque, mais il n'apparaît sur aucune vidéo de surveillance et personne ne peut confirmer l'avoir vu sur place. La police soupçonne Lombardo, qui se présente comme un simple témoin oculaire et clame son innocence, de faire partie du groupe de voleurs, et poursuit dans ciller son interrogatoire...
S09E13 - L'immeuble maudit
Les experts enquêtent sur la mort d'un jeune homme masqué qui aurait fait une chute mortelle en tombant d'un gratte-ciel réputé pour être hanté. En examinant les vêtements du défunt, l'équipe constate qu'il s'agissait d'un pickpocket qui s'en prenait régulièrement aux touristes pour les dépouiller. Le corps de la victime réserve lui aussi quelques surprises : sa bouche contient une coupure de journal, tandis que sa nuque porte la trace de produits chimiques. En recoupant leurs indices, les policiers établissent le profil de l'assassin et soupçonnent une femme, qui apparaît sur la vidéo de surveillance du bâtiment. Pendant ce temps, Jo, qui est en congé, croise un individu lié à son passé...
S09E14 - L'or blanc
Alors que des tagueurs sont en train de peindre le mot «meurtrier » sur la facade d'un immeuble, ils sont témoins d'un accident de voiture suivi d'un crime. D'après Danny, la victime, un dénommait Paul Tortucci, travaillait comme cuisinier dans une pizzeria familiale jouissant d'une bonne réputation. Mac s'y rend pour annoncer le décès du jeune homme. Il déclare également qu'apparemment, le défunt se livrait à du trafic de drogue mais que ses meurtriers ont confondu les paquets de mozzarelle qu'il transportait avec de la cocaïne. Pendant ce temps, Danny interroge la propriétaire de l'un des véhicules impliqués dans l'accident...
S09E15 - Un retour pour New York
DB Russell est à New York pour aider Mac à retrouver Christine, enlevée avec Shawn Boyd à cause de l'argent que Shawn et son frère Jimmy doivent à un usurier, Zane Kalim. Celui-ci est arrêté lors d'une opération de police, mais refuse de dire qui sont ses complices et où se trouvent les otages. Les kidnappeurs tuent Shawn et exigent un échange : Christine contre Zane. Mac décide alors de faire cavalier seul et de partir à la recherche de Christine, sans l'aide de son équipe. Mais Russell le suit à distance...
S09E16 - Fatale Saint-Valentin
Le jour de la Saint-Valentin, trois meurtres occupent les experts. Lindsay, Jo et Lovato cherchent à découvrir qui a tué Theodore d'un coup de bouteille de champagne dans une chambre d'hôtel. Un certain Kevin s'accuse du crime, mais les policiers comprennent qu'une troisième personne était présente. Pendant ce temps, Danny collabore avec Hawkes et Adam pour éclaircir les causes de la mort de Bernard. Son épouse prétend qu'il a quitté son travail plus tôt pour lui faire une surprise. Mac et Flack enquêtent sur la mort de Jeremy, qui a été abattu au milieu de la foule dans un marché, alors qu'il allait à la rencontre de sa femme, Wendy...
S09E17 - Un dernier au revoir
Les experts sont chargés d'une nouvelle affaire, concernant un inspecteur de police, Kevin Hopkins, qui a abattu un homme alors qu'il intervenait sur le cambiolage d'une bijouterie. Hopkins affirme qu'il poursuivait deux suspects dans une allée quand l'un s'est retourné et lui a tiré dessus. Il a riposté, tuant Timothy Brown. Mais, d'après l'équipier d'Hopkins, aucun coup de feu n'a rententi avant le sien. La colère gronde dans le quartier, les riverains étant persuadés que le policier a commis une bavure. La petite amie de Brown, Tori Bell, est fermement convaincue de l'innocence de Timothy. Au milieu de ces pressions, Mac doit établir la vérité...