Stella et Danny enquêtent sur la mort d'un joaillier portant le soutien-george d'une valeur de huit millions de dollars qu'il avait créé. Ils cherchent également à en savoir plus sur le mannequin qu'il a blessée et son garde du corps. Aiden commence à trop s'impliquer dans une affaire de viol, déterminée à arrêter le violeur avant qu'il ne récidive. Hawkes se rend pour la première fois sur le terrain et aide Mac à enquêter sur la mort d'un homme.
S02E02 - Un mort dans la foule
Un chirurgien esthétique est agressé dans la gare centrale de Manhattan avec de la soude caustique. Il meurt de ses blessures. La répartition de ces dernières sur les mains de la victime intrigue Mac et Hawkes. Stella et Danny enquêtent sur la mort d'une jeune fille aveugle, retrouvée étranglée sur le toit de l'immeuble où vit son ex-petit ami. Aiden désespère de pouvoir arrêter l'individu qu'elle soupçonne d'avoir violé deux fois la même femme.
S02E03 - Le Repas des fauves
Mack et Danny enquêtent sur la mort mystérieuse d'un homme dont le corps a été déchiqueté par des tigres au zoo du Bronk. Stella et Hawkes cherchent à élucider le meurtre d'une magnifique jeune femme.
S02E04 - Le Samouraï des affaires
Mack et son équipe enquêtent sur un double meurtre perpétré au sein d'une compagnie de pétrole. Hawkes et Flack unissent leurs forces pour arrêter un adolescent qui aimait passer un peu trop de temps derrière son ordinateur.
S02E05 - La Danse du poisson
Un couple roule sur une voie express de New York lorsqu'un cadavre vient s'écraser sur leur pare-brise. Il s'agit du corps de Kia, une jeune danseuse, morte avec un ticket de loto gagnant en poche. Après avoir rapidement écarté l'hypothèse du suicide, Stella et Mack orientent leurs recherches vers la compagnie de danse où la victime suscitait jalousie et convoitise. Danny et Sheldon enquêtent sur la mort d'un pêcheur.
S02E06 - Du sang jeune
Jason Kinsey, quinquagénaire fortuné amateur de jeunes filles, a succombé à une étrange blessure dans son ascenseur. Mélanie Dobson, élève appliquée, serait-elle impliquée dans cette affaire de meurtre ? Le corps d'un jeune homme est retrouvé au fond du lac de Central Park, attaché à une barrière. Qui donc est cet inconnu qui laisse des indices si contradictoires sur sa personnalité ?
S02E07 - Le flic de Miami
Henry Darius se dirige vers New York avec son otage. Horatio et Mac mènent une véritable course contre la montre pour protéger la jeune fille et éviter de nouveaux meurtres.
S02E08 - Fausse donne
Stella et Mack enquêtent sur un meurtre commis dans les hautes sphères du poker pendant que Danny et Hawkes suivent des indices les menant à élucider la mort d'une météorologue.
S02E09 - Poupées cassées
Mack, Danny et Lindsay enquêtent sur la mort du propriétaire d'un hôpital... pour poupées. Stella et Hawkes s'interrogent sur le décès d'une femme qui souffrait d'un cancer en phase terminale.
S02E10 - Esprit d'équipe
Stella et Mack tentent de faire la lumière sur la mort d'une championne de roller. Danny et Hawkes enquêtent sur le meurtre d'un écrivain renommé de New York.
S02E11 - Chambre forte
Stella et Danny doivent tout mettre en oeuvre pour secourir Danny, enfermé dans une chambre forte avec une victime qui était la seule à connaître le code de la porte. Alors qu'un serrurier vient leur prêter main forte, une course contre la montre s'engage pour toute l'équipe craignant que Danny manque d'air.
S02E12 - Le vert de trop
Mack, Danny et Hawkes enquêtent sur la mort d'un mannequin qui s'est effondré durant un défilé de mode. Stella, Lindsay et Flack s'intéressent à la confession d'un malade en phase terminale qui prétend avoir assassiné son médecin.
S02E13 - Le dernier métro
Alors qu'il rentre chez lui, Danny trouve le corps sans vie de Randy Williams dans le métro. Celui-ci est apparemment mort en voulant "surfer" sur le toit de la rame. Lindsay et Mack arrivent aussitôt sur les lieux du drame. Pour eux, la mort de cet homme semble bien plus étrange. Leurs doutes sont confirmés par l'autopsie du corps du défunt...
S02E14 - La flèche de l'amour
Stella est invitée dans une galerie d'art où elle admire de nombreuses peintures réalisées par un artiste du nom de James Golden. La jeune femme est d'autant plus surprise qu'elle pensait se rendre chez Frankie et non à une galerie d'art. A l'extérieur, deux personnes s'embrassent. L'une d'entre-elles est alors touchée au dos par une flèche...
S02E15 - La mort en jeu
L'assistant du procureur est retrouvé mort dans un cimetière. Les détectives découvrent bientôt que celui-ci avait participé à un jeu dans lequel les concurrents s'éliminent les uns les autres en se "tuant" avec des pistolets à eau. Stella, Lindsay et Mac mènent l'enquête pour tenter d'élucider ce meurtre pour le moins étrange. Danny et Sheldon enquêtent sur la mort d'une jeune femme qui gagnait sa vie en intentant des procès à des restaurateurs.
S02E16 - Crime à la source
Six morts suspectes dans un immeuble maudit... Stacie Avida, la dernière victime en date, est retrouvée noyée et vidée de son sang dans une citerne. Par ailleurs, un homme est retrouvé mort, étranglé avec une chaîne de balançoire...
S02E17 - Le silence du témoin
Un jeune homme est témoin de la mort d'un gardien de musée mais ne le dit à personne. Danny enquête sur la mort d'un homme mort sur un chantier.
S02E18 - Vivre ou laisser mourir
La vie d'un patient, en attente d'une greffe, est en grand danger. Toute l'équipe doit agir au plus vite pour cerner l'avion qui a été détourné et qui transporte le foie qu'attend désespérément le malade.
S02E19 - Super héros
Un homme déguisé en héros est retrouvé mort dans une ruelle. Peu avant, il avait porté secours à un homme qui se faisait agresser. Stella, Mack et Hawkes enquêtent sur cette affaire. Danny et Lindsay cherchent à élucider le meurtre d'un joueur de football connu sous le pseudonyme de "superman".
S02E20 - Les cendres du passé
Mack reçoit un appel téléphonique étrange. Son interlocuteur confesse avoir commis un crime avant de se suicider. Celui-ci appartenait à un gang. Stella et Danny enquêtent sur la mort d'un homme d'affaires qui avait loué les services très onéreux d'une call-girl.
S02E21 - Reconstitution
Mac et Lindsay interrogent Kid Rock car il est le dernier à avoir vu son chauffeur de limousine en vie avant son concert.
S02E22 - La preuve par trois
Deux femmes prétendent être chacune l'épouse légitime d'un individu, qui a été assassiné. Cette situation ne manque pas de surprendre Mac et Stella qui, en menant leur petite enquête, apprennent que les deux femmes étaient bien mariées à la victime. Parallèlement, Danny et Lindsay enquêtent sur le meurtre d'une jeune femme déguisée en «sirène».
S02E23 - Dernière mission
New York est en pleine "Semaine de la flotte", consacrée à la marine militaire. Des marines en démonstration à Central Park découvrent le cadavre de l''un des leurs, le caporal Price, poignardé la nuit précédente. Mac Taylor se consacre à cette enquête dans un milieu qui lui est familier, secondé par Danny. Price, soldat exemplaire, était à la recherche d'une certaine Ellie. Stella et Lindsay ont affaire à un cadavre méconnaissable, découvert dans une voiture volée, puis incendiée. Sheldon reconstitue le visage de l'inconnue et, à la stupeur et la tristesse générale, tous reconnaissent Aiden. Une tache de sang sur sa chemise et une trace sur sa chaussure permettent de reconstituer la soirée du caporal Price.
S02E24 - Peur sur la ville
Mac et Flack sont sur une scène de crime dans un immeuble de bureaux quand une bombe explose. Mac s'en sort avec quelques égratignures mais Flack est grièvement blessé. Peu après, le poseur de bombes appelle Mac pour l'informer qu'il a placé un autre engin explosif quelque part en ville. Toute l'équipe met tout en oeuvre pour le retrouver.