Harley et Ivy poursuivent leur Eat Bang Kill Tour pour fêter leur idylle autour du monde. Elles font une halte dans le paradis qu’Ivy avait tenté de récréer sur une île déserte. Cette parenthèse dans le jardin d’Iden est de courte durée car elles doivent aller secourir Gueule d’argile et King Shark.
S03E02 - Esprit d'équipe
De retour à Gotham, Harley et Ivy réunissent leur ancienne équipe, et Ivy leur propose de voler un moustique au musée d'histoire naturelle. Moustique qui lui permettra de terraformer Gotham en faisant pousser des plantes à vitesse accélérée.
S03E03 - Orgie, crime et botanique
Ivy travaille toujours sur le sérum, et elle a le plus grand mal à travailler alors qu'Harley multiplie les activités qui font énormément de bruit. Mais elle finit par stabiliser sa formule et le groupe décide d'aller au resto. En leur absence Frank se fait enlever, et ils doivent demander l'aide du Joker pour le retrouver.
S03E04 - Orgie, crime et botanique
Ivy travaille toujours sur le sérum, et elle a le plus grand mal à travailler alors qu'Harley multiplie les activités qui font énormément de bruit. Mais elle finit par stabiliser sa formule et le groupe décide d'aller au resto. En leur absence Frank se fait enlever, et ils doivent demander l'aide du Joker pour le retrouver. Le Joker les dirige vers une société secrète, La Cour du hibou qui se livre à des orgies sexuelles, tandis que Gordon est aussi sur place, pour obtenir des financements pour sa campagne politique.
S03E05 - Une histoire de marais
Ivy n'arrive pas à se connecter à The Green pour localiser Frank et le sauver. Harley et Ivy, accompagnées de Nora, décident d'aller demander de l'aide à Swamp Thing. Une fois à la Nouvelle-Orléans, Constantine aidera les filles à trouver cette créature qui maîtrise The Green et qui vit au cœur des marais. Le plus difficile sera de gagner sa confiance. Pendant ce temps, Bruce et Selina clarifieront leur relation d'une façon inattendue
S03E06 - Tous tous avec le Joker !
Le Joker mène désormais sa petite vie de beau père, avec ses deux enfants, mais confronté à des problèmes de parents d'élève, il n'arrive pas à obtenir une place pour son fils Bénicio dans un programme bilingue, et il décide … de se présenter à la mairie pour passer au dessus du conseil administration de l'école. Double Face voit ça d'un très mauvais œil et il essaye de convaincre Gordon de frapper fort pour éliminer ce nouvel adversaire, mais devant le refus de Gordon, il enlève Bénicio pour forcer le Joker à se retirer. Heureusement Gordon les sauve et se retourne contre Double face. Désormais certain que le Joker est devenu quelqu'un de bien, il renonce à la mairie, et Le Joker devient maire de Gotham.
S03E07 - Chapeaux, enlèvement et succession
Harley décide d'enlever Bruce Wayne à un gala de charité pour qu'il révèle où il séquestre Frank. Harley doit y aller en solo. En effet, Ivy est souffrante, Gueule d'argile est occupé à être un acteur demandé et Frank se rend aux obsèques de son père. Evidemment, rien ne se passe comme prévu. Harley devra composer avec sa quasi copine Batgirl et se débarrasser du Chapelier fou pour arriver à ses fins. King Shark, lui, devra composer avec son frère cadet et prendre courageusement position pour le Royaume des requins.
S03E08 - Le poids de l'obscurité
Devant le refus de Bruce de dire où se trouve Frank, Harley et Ivy font appel au docteur Psycho pour pénétrer dans son esprit. Ils y découvrent l'âme d'un enfant meurtri par la perte de ses parents, mais Harley réussit à lui faire passer un cap. Ils se retrouvent poursuivis par Joe Chill et Harley apprend que Bruce est Batman. Mais son état psychologique semble trop profond pour l'aider. Lorsqu'Harley ressort, la Bat Family a arrêté tout le monde, et Bruce compte se servir de Frank pour ramener ses parents à la vie.
S03E09 - Jouissance au Jazzapajizza
Dans l'espoir de contrôler les zombies créés accidentellement par Bruce Wayne. Ivy plonge dans The Green. Elle y acquiert un immense pouvoir qui lui permet d'utiliser les zombies pour transformer Gotham et ses habitants.Pendant ce temps, Harley, Batgirl et Nightwing essaient d'endiguer cette apocalypse zombie. Mais pour obliger Ivy à abandonner son projet de terraformation, Harley devra tenter le tout pour le tout.
S03E10 - Le dilemme
Harley a empêché Ivy de détruire Gotham mais elle s'en veut énormément. Elle accepte donc d'aider son amie à tuer le Joker pour le compte de Lex Luthor, mais Harley se ment à elle-même. Elle n'a plus l'âme d'une super vilaine et cela se voit de plus en plus. Le comprenant, Ivy lui dit qu'elle l'accepte et qu'elle ne souhaite pas la quitter pour ça. Le Joker fait arrêter Bruce Wayne pour fraude fiscale et comme la Bat Family manque d'effectifs, Harley décide de les rejoindre.
S03E11 - Harley Quinn: A Very Problematic Valentine's Day Special