Alors que Magnum essaie de cacher sa nouvelle relation amoureuse, le détective enquête désormais en solo. Il se lance à la recherche d’une mère célibataire qui vient de disparaître et que deux tueurs à gages poursuivent également. Pendant ce temps, Rick reçoit une très mauvaise nouvelle, qui s’avère être excellente... Au Kenya, Higgins doit faire face à des criminels et se retrouve en contact avec un de ses anciens employeurs.
Alors que Magnum essaie de cacher sa nouvelle relation amoureuse, il enquête désormais en solo. Il se lance à la recherche d’une mère célibataire qui vient de disparaître et que deux tueurs à gages poursuivent également. Pendant ce temps, Rick reçoit une très mauvaise nouvelle, qui s’avère être excellente. Au Kenya, Higgins doit faire face à des bandits et se retrouve en contact avec un de ses anciens employeurs.
S04E02 - Le baptême du feu
Higgins et Magnum enquêtent sur la mort de Makoa Brown, ouvrier sur un chantier. Au fil de l'enquête, ils découvrent que Makoa avait été inculpé pour le meurtre du jeune Michael Aquino, puis relaxé. Le père de la victime l'avait harcelé pendant des mois. Le chef de chantier, Ioha, ment à Magnum et Higgins, ce qui les convainc de le suspecter. Pendant ce temps, TC et Shammy sont pris en otage par deux trafiquants de drogue qui veulent récupérer leur cargaison. TC est gravement blessé et Shammy parvient à prévenir les secours. Rick demande conseil à Kumu pour des cocktails, mais la discussion dévie très vite sur Suzy...
S04E03 - Infiltrés
Higgins surprend Lia chez Magnum. Elle est désormais au courant de leur relation. Elle ne manque pas de cuisiner Thomas pour en savoir plus sur sa nouvelle compagne. Les deux enquêteurs sont engagés pour retrouver deux sacs de golf dérobés d'une valeur de 5 000 dollars. Le sort de Trevor, le jeune homme qui les a engagés pour retouver les sacs, est étroitement lié à ce vol. Accusé à tort, il a été radié du club au sein duquel il devait passer chez les pros. C'était le but de sa vie, ses parents avaient tout sacrifié pour la passion qui est la sienne et il n'a aucun mobile valable de les avoir subtilisés. Les sacs contiennent-ils autre chose que des clubs de golf ?
S04E04 - Ceux que nous perdons en route
Higgins se fait engager par sa psychiatre pour enquêter sur le suicide suspect d’une adolescente qu’elle avait pour patiente.
S04E05 - Til Death
S04E06 - Devil on the Doorstep
S04E07 - Des liens plus forts que tout
Quand un agent fédéral demande à Rick de participer de porter un micro pour faire tomber Robbie, Magnum décide de lancer sa propre enquête. Higgins et Kumu veulent comprendre ce qui arrive à un résident d'une maison de retraite qui s’est replié sur lui-même...
S04E08 - La traque
Rick décide de traquer les deux hommes qui ont assassiné son ami, Robbie. Gordon le place sous protection policière, mais il ne parvient pas à le retenir. De peur que Rick ne se fasse justice lui-même, Gordon et TC tentent de l'arrêter à temps. Magnum tente de retrouver Higgins, disparue la veille.
S04E09 - Cyberattaque
Le département de police d'Honolulu est victime d'une cyberattaque avec Ransomware. Lia Kaleo est forcée de réveler à Magnum et Katsumoto un lourd secret de famille afin de faire avancer l'enquête.
S04E10 - Drôle de rêve
Magnum et Higgins ont été missionnés par Emily pour retrouver un certain Mikal Cisco, un homme pour qui elle a eu le coup de foudre. Afin de se concentrer sur cette enquête, ils demandent à Rick de remettre à leur place une assignation en divorce à un certain Jared Friedman.
S04E11 - Une après-midi de chien
Une religieuse engage Magnum et Higgins pour enquêter sur un mystérieux don de 100 000 dollars déposé par un inconnu devant l'église. Ce don permettrait de sauver Sierra, une jeune fille gravement malade. Magnum et Higgins découvrent qu'il s'agit d'argent sale, pour lequel un homme a été tué. Dans le même temps, Jin lance sa nouvelle entreprise de promenade de chiens. Après avoir manqué d'empoisonner les chiens d'Higgins, il se retrouve pris en otage dans un cabinet vétérinaire par les deux malfrats qui ont tenté de voler les 100 000 dollars. Il est d'une aide précieuse pour Magnum et Gordon qui se servent de lui comme d'un mouchard pour extraire les otages. De son côté, Rick se prépare nerveusement pour un rendez-vous téléphonique avec Suzy. Celle-ci lui annonce qu'elle est enceinte.
S04E12 - Méfiez-vous des apparences
Alors que Rick se prépare à être papa, les deux enquêteurs sont à la recherche d'un sans-abri disparu étrangement à la demande de leur ami, Shammy. Higgins signe les documents qui la déchargent d'une responsabilité importante : elle restitue La propriété à Robin Masters.
S04E13 - Ne me jugez pas
Une juge engage Magnum et Higgins car une personne anynonyme la fait chanter pour l'obliger à acquitter un meurtrier. Les enquêteurs vont se livrer à une véritable course contre la montre car ils n'ont que 24 heures pour arrêter le maître-chanteur. De son coté, Rick qui est inquiet à l'idée devenir père, notamment sur le plan financier, décide de contacter un consultant en restauration pour booster le chiffre d'affaire du restaurant. Kumu voit cela d'un mauvais oeil et avec l'aide de TC, ils vont aider Rick dans son entreprise en tâchant de préserver le charme de la Mariana.
S04E14 - Né sous une mauvaise étoile
Un agent de cautionnement engage Magnum et Higgins pour retrouver Stella Torres, une femme qui ne s'est pas présentée au tribunal. Il risque de perdre les 250 000 dollars de la caution si elle ne réapparaît pas. Les enquêteurs découvrent bientôt que Stella a travaillé en tant qu'indic pour un certain sergent Nix, et que celui-ci l'a mise enceinte. Il la recherche pour lui enlever son bébé et l'élever lui-même avec sa femme. De leur côté, TC et Katsumoto font équipe pour rechercher la mère de Cade. lls découvrent qu'elle était une toxicomane et qu'elle est morte dans un incendie, il y a plusieurs années.
S04E15 - Poison mortel
Kumu, Jin, Higgins, Rick et TC préparent leur tournoi de tir à la corde. Thomas a rendez-vous avec un client dans un restaurant pour une nouvelle enquête. Sato, la personne avec qui il a un entretien, lui apprend qu'il n'est pas son client et que les fabuleux sushis que Magnum déguste sont empoisonnés. Osi Shima, le véritable commanditaire de la mission, fait son entrée et lui apprend que sa mission sera de retrouver son fils kidnappé la veille en échange de... sa vie. Thomas Magnum a une dizaine d'heures pour retrouver Kota avant que le poison lui soit fatal. Osi Shima l'attendra avec l'antidote.
S04E16 - Evil Walks Softly
S04E17 - Ne m'oublie pas
Higgins se retrouve dans une situation compliquée lorsque Ella, 12 ans, lui demande de l'aide pour élucider un triple homicide sur lequel enquêtait sa mère avant de mourir. Magnum se lie avec un vétéran en phase terminale et tente de le réconcilier avec son frère.
S04E18 - L'union fait la force
Magnum, Higgins, Kumu, Rick et TC vont rendre un dernier à hommage à Bob Braddock au cimetière national du Pacifique. Un cadavre enterré dans la forêt depuis quatre ans est découvert par des randonneurs. Le lieutenant Katsumoto est chargé de l'enquête et il ne tarde pas à découvrir que le téléphone de la victime contient un message d'un certain Sebastian Nuzo, mort lui aussi il y a quatre ans. Il convoque Thomas Magnum au poste pour lui demander des éclaircissements. Sur le message en question, Nuzo, désormais suspect numéro un, menace la victime de représailles. Magnum va devoir enquêter pour laver la mémoire de son ami de tout soupçon.
S04E19 - Amnésie
Un homme se réveille sur une plage couvert de sang et sans aucun souvenir. Il engage Magnum et Higgins pour tenter de comprendre ce qui lui est arrivé. TC est pris de court lorsque la grand-mère biologique de Cade arrive à Hawaï et demande à rencontrer son petit-fils. De son côté, Higgins est troublée par une invitation que Magnum lui a faite et demande conseil à sa psychiatre.
S04E20 - Ce qui compte vraiment
Beth, l'ex-femme de Katsumoto, est enlevée par des ravisseurs. Ils exigent que Gordon aille exécuter son ancien partenaire, Shane Whelan, qui a l'intention de les dénoncer au FBI. Magnum, Higgins et Gordon parviennent à sortir Whelan de la prison et à l'échanger contre Beth. Dans le même temps, Suzy accouche, mais elle doit être admise en réanimation, suite à une hémorragie. Toute l'équipe se réunit pour soutenir Rick et TC à l'hôpital. Tout est bien qui finit bien avec la naissance de la petite Joy. Sur la terrasse de la maternité, Higgins et Magnum s'avouent enfin leurs sentiments.