Tandis que le club de natation d'Iwatobi tente, tant bien que mal, de recruter de nouveaux membres, sans grand succès, l'équipe de Samezuka accueille de nouveaux prodiges : Sôsuke Yamazaki et Momotarô Mikoshiba. Les deux clubs, amis et rivaux, vont donc à nouveau s'affronter dans différentes courses, dont le relais 4 x 4 nages.
Une nouvelle année s'ouvre, les recrutements pour le club de natation d'Iwatobi vont reprendre et Kou a une idée géniale pour attirer les premières années. Du côté de Samezuka, le capitaine fait ses adieux à l'équipe et passe le relais à Rin qui devra endosser son rôle.
S02E02 - La nage du destin
Rin retrouve un ancien camarade de primaire, Sousuke. Du côté de Haruka, Sasabe va inaugurer sa piscine et demande leur participation. Les quatre amis décident de clore l'événement avec une course de relais à quatre nages et invitent l'équipe de Rin en tant qu'adversaire.
S02E03 - Le papillon des adieux
Iwatobi lance son festival et le club de natation participe à leur relais interclubs afin de se faire remarquer et de trouver de nouveaux membres. Mais il s'agit d'une course à pied.
S02E04 - Le virage promis
Les préfectorales approchent. Rin va devoir sélectionner les nageurs pour le relais quatre nages et Gou prépare Haru et ses amis physiquement. Elle décide de tout surveiller jusqu'à leur alimentation.
S02E05 - Respiration déterminée
Quelques jours avant les préfectorales, l'entraînement s'intensifie. Mais Nagisa commence à se comporter de manière étrange. Inquiets, Haruka, Mako et Rei essaient de lui tirer les vers du nez.
S02E06 - L'invincible premier !
Les préfectorales commencent. Rin et Haruka se retrouvent de nouveau en compétition en nage libre. Makoto décide de se mesurer lui aussi à Haruka dans la même catégorie.
S02E07 - Le track start de la revanche !
C'est enfin le jour du relais quatre nages. L'équipe de Haru affronte celle de Rin afin de se qualifier pour les régionales.
S02E08 - La curieuse locomotive !
Haru et ses amis sont bien décidés à l'emporter face à Samezuka lors de leur prochaine rencontre. Haru leur prépare un entraînement spécial. Mais Makoto doit aider M. Sasabe à sa piscine.
S02E09 - Forme au ralenti !
Les régionales commencent. Haru et ses amis vont devoir se sélectionner pour les finales des individuelles. Beaucoup de recruteurs sont présents.
S02E10 - Les larmes des six battements !
C'est enfin le moment du relais quatre nages. Iwatobi etSamezuka sont en lutte pour accéder aux nationales.
S02E11 - Le virage de la destinée !
Les nationales approchent et les deux équipes de relais s'entraînent. Mais Haru semble perdu et malgré les progrès de Makoto, Rei et Nagissa, le chrono du relais d'Iwatobi stagne.
S02E12 - Prolongations à l'étranger !
Rin, qui ne supporte de voir Haru dans l'impasse, décide de l'emmener avec lui en Australie pour lui faire découvrir la scène mondiale et ce qu'il y a vécu pendant son enfance.
S02E13 - Le début de l'été éternel !
Rin et Haru reviennent d'Australie pour participer aux nationales. Samezuka et Iwatobi tentent de se classer à ce niveau, tandis Haru réfléchit à ses projets d'avenir.