Après avoir retrouvé et tué son ravisseur, Emily a du mal à s'épanouir pleinement en tant que mère après six ans de torture physique et mentale. Elle tente de reconstruire sa relation avec son fils mais elle ne peut pas effacer ses traumatismes. Elle engage le détective de la police de Boston, Tommy Gibbs afin qu'il enquête sur ses années de captivité. Mais à nouveau, mettre en lumière cette affaire conduit à des morts. Emily va prendre des risques pour découvrir la vérité et protéger ainsi sa famille.
Emily, qui peine à se remettre de sa terrible période de séquestration, tente de retrouver une vie "normale". Surtout vis-à-vis de son fils, Flynn, lui-même très affecté par l'instabilité de sa vie. Pendant ce temps, un attentat terroriste secoue le cœur de Boston. Accapparé par cette affaire, Nick néglige sa famille...
S02E02 - Madness
Sous le choc suite à de nouvelles révélations sur son passé, Emily redouble d'efforts dans sa quête pour la vérité. Lorsque Flynn se retrouve accidentellement mêlé à son enquête, la jeune femme est forcée à faire un choix entre son fils et son besoin de réponses. De son côté, Alice, retournée travailler comme psychologue spécialisée sur les deuils, se lie d'amitié avec Jack Byrne, un ambulancier qui travaille à l'hôpital. La tension monte au FBI entre Nick et Julianne...
S02E03 - Coupable
Emily est rongée par la culpabilité après le meurtre d’une personne qu’elle a rejetée. De retour au FBI pour enquêter sur des crimes similaires. elle fait équipe avec l’agent spécial Cal Isaac, auquel il lui faut cacher son lien personnel avec l’affaire. Nick et Julianne se penchent sur l’identité du terroriste, craignant qu’il ne se prépare pour sa prochaine attaque - celle-ci encore plus meurtrière que la précédente.
S02E04 - Chasse à l'homme
L’enquête d’Emily et Cal sur le tueur au fentanyl les dirige vers des suspects dangereux et extrêmement habiles. Pendant ce temps, la chasse à l’homme pour retrouver le terroriste de Crown fait mouche et mène à un homme solitaire et en colère, qui est prêt à en découdre, et c’est à Nick de le traquer.
S02E05 - Sur le qui-vive
En enquêtant au domicile de la plus récente victime du tueur au fentanyl, une star du football, Emily obtient un élément de preuve de premier ordre qui pourrait lui permettre d’identifier le tueur en série. Mais des problèmes personnels la renvoient chez elle, auprès de sa famille, lorsque le désordre et les secrets de sa vie finissent par la rattraper, lui faisant craindre pour sa relation avec Flynn. Alors qu’Emily se plonge dans l’affaire du tueur au Fentanyl, le dossier de Nick auprès d’un détenu de grand renom a des conséquences mortelles.
S02E06 - Sous couverture
Sous des pseudonymes, Emily et Cal se rendent en Moldavie, pays sujet à la corruption, à la recherche du tueur au fentanyl, qui est désormais identifié sous le nom de Rex Wolfe. Ils découvrent rapidement que pour trouver Rex Wolfe, ils devront faire face à un contractant militaire privé assez louche, Nightwatch, afin de retrouver le tueur. Pendant ce temps, Nick doit faire la part des choses entre le devoir et l’honneur lorsqu’on lui donne un ordre qui remet en question son code moral. Son mariage avec Nick étant déjà dans un état fragile, Alice doit maintenant faire face à un diagnostic bouleversant.
S02E07 - Chasseurs
Les têtes de Cal Isaac et d’Emily Byrne sont mises à prix par Night Watch. Ils sont tirés in-extremis d’un guet-apens par Holt, un ancien compagnon d’armes de Cal. Holt décide d’aider Emily et Cal à mettre la main sur Rex Wolfe. Après un échange de tirs avec ce dernier, Holt reçoit un coup de couteau mortel.
S02E08 - Aggression
Le lieutenant Campbell prononce un hommage funèbre élogieux en l’honneur de Tommy. Elle apprend à Emily qu’elle l’a mis à pied pour s’être introduit chez Catalyst Diagnostics et suppose qu’il s’est suicidé.
S02E09 - Jusqu'au bout
Emily et Cal enquêtent sur le docteur Oduwale. Tout porte à croire qu’il aurait commandité les meurtres au fentanyl. Mais pour quelles raisons ? Par le biais d’articles scientifiques que celui-ci a a publiés, Emily et Cal découvrent qu’il a eu accès à la banque de données de Catalyst Diagnostics en 1982 puis en 2013.
S02E10 - Complices
Le docteur Oduwale vient d’être mortellement blessé. Emily s’élance à la poursuite du tireur, en vain. Crown craint que sa petite mise en scène leur nuise à tous les deux. C’est partiellement le cas.