Un attentat terroriste frappe Tokyo et la police, confondue par l’énigme qui entoure les poseurs de bombes, ne peut rien contre la montée de paranoïa qui gagne la ville.
Risa Mishima, une jeune lycéenne, se retrouve prise au piège d'une attaque terroriste menée par deux nouveaux élèves de son école.
S01E02 - Question-réponse
Alors que la police se penche sur la première énigme de Sphinx, les deux terroristes mettent une nouvelle vidéo en ligne.
S01E03 - Rechercher & détruire
Shibazaki rejoint l'équipe travaillant sur l'affaire Sphinx, tandis que Nine et Twelve usent de leur nouvelle énigme pour confirmer certains de leurs soupçons.
S01E04 - Découverte capitale
En réponse à sa provocation, Shibazaki doit résoudre seul la prochaine énigme en un temps limité, sous peine de voir une nouvelle bombe exploser.
S01E05 - Cache-cache
Une connaissance passée de Nine et Twelve refait surface et tente de les faire passer pour des meurtriers de masse.
S01E06 - Tu es prêt ?
Une personne se faisant passer pour Sphinx énonce une nouvelle énigme. Nine et Twelve se doivent de la résoudre eux-mêmes pour arrêter la bombe cachée et ne pas devenir des meurtriers aux yeux de la population.
S01E07 - Égalité
Sphinx se lance dans une course-poursuite pour arrêter Five, tandis que la police se mêle des plans du FBI.
S01E08 - My Fair Lady
Tous les détectives ayant participé à l'opération de l'aéroport son suspendus de l'affaire Sphinx. Le quartier des terroristes explose après avoir reçu un paquet surprise de Five.
S01E09 - Des hauts & des bas
Shibazaki découvre la vérité concernant le projet Athéna et les personnes responsables. Twelve abandonne Nine pour tente de sauver Risa.
S01E10 - Chaos
Nine se rend lui-même à la police et réclame à donner une conférence de presse, sous peine de faire exploser une bombe atomique.
S01E11 - VON
Sphinx exécute la phase final de leur plan originel.