Le méchant Strykore donne pour mission à Kaos et Spyro de kidnapper King Pen afin de pouvoir régner sur les Skylands. Stealth Elf se lie d'amitié avec Kaossandra.
S03E02 - La vérité est ici
Les Skylanders sont fous de joie quand Spyro rentre à l'Académie, mais ses anciens amis ignorent qu'il manigance quelque chose.
S03E03 - Une rencontre explosive
Les Skylanders ont les chevilles qui enflent quand ils gagnent le prestigieux trophée des plus grands héros des Skylands.
S03E04 - Une traîtresse parmi nous
Eon ayant augmenté la sensibilité de son barbo-système d'alerte, il découvre qu'un traître se cache à l'Académie, et Eruptor est persuadé qu'il s'agit de Kaossandra.
S03E05 - Le fameux capitaine
Eon décide de faire venir l'as du pilotage, le capitaine Flynn, pour aider l'équipe... et découvre qu'il n'est peut-être pas à la hauteur de sa légende.
S03E06 - Un week-end chez Eon
Quand Eon est assommé par Food Fight, Jet-Vac et Spyro doivent prendre place dans son corps le temps d'une réunion avec un inspecteur important.
S03E07 - Enragée
Strykore abandonne un bracelet qui rendra Stealth Elf méchante si elle met la main dessus, mais voilà que le bijou se retrouve sur un autre poignet...
S03E08 - Trois versions pour une histoire
Persuadé que quelqu'un a pulvérisé Maître Eon, Jet-Vac soupçonne Eruptor, Spyro et Stealth Elf. Sauf qu'ils racontent tous une histoire différente.
S03E09 - Retour vers le futur
Eruptor et Spyro voulant parler à Crash Bandicoot, ils voyagent dans le passé pour le trouver. Mais à leur retour, le présent n'est plus celui qu'ils ont laissé.
S03E10 - La course des courses
Les Skylanders essaient de battre Kaos et les Maraudeurs lors d'une grande course appelée la Skylands 500. Travailler en équipe n'est cependant pas si facile...
S03E11 - Trouble de la personnalité
Pour guérir Spyro de la méchanceté du pouvoir des ténèbres, les Skylanders doivent se lancer dans une dangereuse mission et trouver le venin d'une vipère de feu.
S03E12 - Les aventuriers de l'île perdue, 1re partie
Les Skylanders doivent rejoindre Arkus avant Strykore et ses sbires, et seul un plan audacieux leur permettra d'y parvenir.
S03E13 - Les aventuriers de l'île perdue, 2e partie
Alors que les Skylanders courent contre la montre pour empêcher Kaos de détruire le Noyau de Lumière, Strykore essaie de ramener Kaossandra du côté des forces du mal.