Toute une partie de la distribution remerciée... Autour des interprètes de MacGyver (Lucas Till) et de Jack Dalton (George Eads), pas moins de trois personnages ont été supprimés avec le tournage d'un second pilote. Mickey (Addison Timlin), une développeuse informatique proche du héros, l'agent Croix (Michelle Krusiec), une soeur de Jack qui travaille au service de la Sécurité Intérieure, et Gunner (Joshua Boone), un ami d'enfance de MacGyver, n'ont pas survécu à cette remise à plat.
Lorsque CBS a lancé la production de cette nouvelle version de MacGyver, James Wan, producteur délégué de la série, devait prendre en charge la réalisation du premier épisode. Un conflit d'emploi du temps l'en a cependant empêché… dans un premier temps. Si la première version du pilote a finalement été dirigée par David Von Ancken, elle n'a pas séduit les dirigeants de la chaîne. L'épisode a donc fait l'objet d'un second tournage. Et cette fois, c'est bien Wan qui était derrière la caméra.
Lorsqu'il a débuté sa carrière à la télévision, la première version de MacGyver était déjà à l'antenne. Ancien scénariste-producteur des Experts : Manhattan, Hawaii Five-0, 24 heures chrono ou encore The Crow : Stairway to Heaven, Peter M. Lenkov a débuté sa carrière en collaborant notamment à la production de Haunted Lives: True Ghost Stories. Cette anthologie fantastique, présentée par Leonard Nimoy puis Stacy Keach, est arrivée à l'antenne en 1991. A l'époque, l'avant-dernière saison de MacGyver avec Richard Dean Anderson était alors diffusée.
A l'origine, dans le premier pilote de la nouvelle version de MacGyver, le personnage interprété par George Eads devait s'appeler Lincoln. Son profil est celui d'un employé du gouvernement : il est donc assez proche du personnage de Pete Thornton dans la série originale. Contre toute attente, il est pourtant rebaptisé Jack Dalton en cours de production, pour faire un clin d'oeil à un des seconds rôles les plus marquants de la série originale. Mais Jack n'a jamais été un employé des services de l'Etat dans la version proposée pendant les années 1980 et 90.
Au moment de constituer l'équipe de scénaristes qui participeraient au lancement de la série, Peter M. Lenkov affirme s'être assuré que chaque auteur aimait la version originale de MacGyver et qu'il connaissait vraiment bien ce programme. "Je voulais que tout le monde viennent ici très motivé, en sachant qu'une partie de notre travail serait d'honorer le projet original. Et qu'une partie du public regarderait notre série en se disant 'ne détruisez pas ma série préférée'."
Réalisateur et producteur délégué de MacGyver version 2016, James Wan voulait vraiment revisiter l'univers de la série produite par Henry Winkler (Fonzie dans Happy Days). Il a notamment réfléchi à l'adaptation de cet univers au cinéma. En vain. "Quand Peter (Lenkov, le producteur NDLR) est arrivé avec une nouvelle vie pour ce projet, je lui ai dit 'Je pense que je vais réaliser moi-même le pilote'." Il s'agit cependant de sa toute première expérience télévisuelle, après la réalisation de plusieurs longs-métrages, dont Saw.
Selon Peter M. Lenkov, les producteurs de MacGyver n'avaient pas prévu, au départ, de faire revenir le héros des années 1980 sous les traits d'un comédien bien plus jeune que ne l'était Richard Dean Anderson lorsqu'il interprétait ce personnage. "Tout cela s'est vraiment décidé au casting. Nous ne cherchions pas un comédien d'un âge spécifique. Nous ne pensions qu'au personnage. Et Lucas (Till) est en un parfait MacGyver."
C'est la seconde fois que l'univers de MacGyver est remis au goût du jour pour la télévision. Treize ans avant le lancement de la série avec Lucas Till, un projet mettant en scène un MacGyver adolescent a été mis en chantier, avec Jared Padalecki dans le rôle principal. Dans Young MacGyver, le héros n'est toutefois pas Angus (le nom du héros incarné par Richard Dean Anderson, dans le programme original) mais Clay MacGyver. L'essai n'a pas convaincu les dirigeants de The WB, la chaîne derrière ce projet. Un seul téléfilm a donc été tourné.
Avant que Peter M. Lenkov, auréolé du succès du reboot de Hawaii Five-0, ne prenne en mains la production, plusieurs noms ont été associés au projet de relance des aventures de MacGyver. R Scott Gemmil, ex-scénariste d'Urgences et NCIS : Los Angeles, a été approché au tout départ, avant que ce ne soit l'auteur de théâtre Paul Downs Colaizzo qui s'attelle à l'écriture du premier pilote. La commande d'un second épisode inaugural a cependant été faite à ses dépens.
Nouvelle version et nouveau décor. Alors que la première série mettant en scène MacGyver a été tournée en Californie et au Canada, la nouvelle version portée par Lucas Till est filmée dans la région d'Atlanta. Pour l'acteur, c'est une sorte de retour aux sources. Pendant plusieurs années, ce dernier a vécu à Cobb County, dans la banlieue de Marietta, une des grandes villes de l'Etat. C'est d'ailleurs dans un hangar situé dans cette ville qu'ont été filmées plusieurs scènes du second pilote.