Yato est un dieu errant oublié par les humains. Il parcourt le Japon afin d’exécuter les vœux des mortels dans l'espoir de pouvoir convertir assez de fidèles pour avoir enfin un temple à son honneur et un culte digne de ce nom. Son destin se retrouve bouleversé le jour où il croise une collégienne, Iki Hiyori, qui risque sa vie pour le sauver d'un accident de la route. Cet événement transforme cette dernière en demi-ayakashi et, déterminée à retrouver son état normal, elle décide de suivre Yato jusqu'à ce qu'il accepte de résoudre son problème.
S01E01 - Un chat domestique, un dieu errant et une queue
Alors que Yato, dieu errant oublié par les humains, poursuit un animal en fuite, une collégienne lui sauve la vie en se jetant devant un bus qu'il n'avait pas vu. La jeune fille, Iki Hiyori, se retrouve alors doté d'une forme de demi-fantôme et exige que Yato lui rende son état normal.
S01E02 - Comme de la neige
Hiyori découvre les avantages et inconvénients de sa nouvelle condition. Elle insiste donc auprès de Yato pour qu'il exauce son souhait au plus vite, mais ce dernier lui répond qu'il ne peut rien faire sans shinki. Elle décide donc de lui en trouver un nouveau lui-même...
S01E03 - La calamité interdite
Yukine a du mal à se faire à sa vie de shinki. Sa première mission arrive bientôt quand Tenjin, le dieu des études, demande à Yato de s'occuper d'un affaire de suicides causés par un fantôme.
S01E04 - Là ou le bonheur n'est que mensonge
Yato décide de présenter Yukine et Hiyori à Kofuku Ebisu, une déesse qu'il présente comme étant sa petite amie. La rencontre est cependant interrompue quand Yato reçoit l'appel d'un salary-man sur le point de se suicider du haut d'un immeuble.
S01E05 - Frontière
Yato enseigne à Yukine une technique réservée aux shinki, la "frontière" qui lui permet de dresser une barrière entre lui et les fantômes. Plus tard, Yukine rencontre une petite fille qui se révèle être l'esprit d'une jeune victime d'un accident de la route.
S01E06 - Une personne effrayante
De plus en plus instable et mal à l'aise avec son statut de shinki, Yukine vole un skateboard dans un magasin. Alors que Hiyori essaie de couvrir son crime pour éviter que Yato ne le punisse, une déesse attaque le dieu errant sans somation, réclamant vengeance contre le meurtrier de ses shinkis.
S01E07 - Incertitude et destinée
Kazuma, un des shinki de Bishamon, découvre la nature de demi-fantôme de Hiyori et son lien avec le monde surnaturel. Il la prévient du grave danger que court Yato : si Yukine continue à mal se comporter et qu'il n'est pas puni, son dieu finira par mourir.
S01E08 - Au-delà de la ligne
Yato et Yukine sont appelés par Ogiwara Manabu, un élève martyrisé du collège de Hiyori. Alors que Yato pousse Manabu à résoudre ses problèmes par lui-même, Yukine est pris d'un accès de colère et ravage l'école à coup de batte de base-ball.
S01E09 - Nom
Pour sauver Yato, Yukine doit endurer un rituel de punition et de purification. Seulement, ce procédé est dangereux pour les officiants. Hiyori parvient in extremis à obtenir l'aide de Kazuma qui a une dette envers Yato.
S01E10 - Considéré par la Haine
Yukine décide de reprendre sa vie en main : il occupe un petit boulot chez Kofuku et Daikoku pour rembourser ses vols et il demande à Hiyori de lui prêter ses livres de cours afin de continuer à apprendre. De son côté, Yato commence à chercher une solution au problème de Hiyori.
S01E11 - Dieu abandonné
Lors d'une attaque surprise, Nora révèle à Yato et Yukine qu'elle a volé les souvenirs de Hiyori pour le compte de Rabō, un dieu des calamités tout comme l'était Yato dans le passé. Elle les restituera si Yato parvient à vaincre Rabō.
S01E12 - Un morceau de mémoire
Yato et Yukine se rendent au temple de Rabō pour le combattre. Le combat tourne mal pour Yato qui est largement surpassé par son adversaire malgré le soutien de Hiyori. Rabō, énervé contre la piètre performance de Yato, brise la sphère contenant les souvenirs de Hiyori.