Alors qu'un situtation instable et dangereuse s'installe en Estonie, l'équipe de la CIA berlinoise est réquisitionnée pour enquêter à ce sujet. Que se passera-t-il quand l'équipe de Berlin Station découvrira l'origine de ce complot ?
Quatre ans se sont passés depuis les derniers événements à Berlin. Valérie est devenue la chef de l'antenne berlinoise de la CIA, et Daniel, Robert et April travaillent sous ses ordres. Daniel enquête sur un ancien agent de la CIA qu'il suspecte d'avoir assassiné sa mère.De son côté, Valérie est informée que Rafael Torres, l'agent de la CIA basé en Estonie, a repéré des membres des forces spéciales russes sur le sol estonien. Torres pense que la Russie veut mettre le feu aux poudres en se servant des ressortissants russes mal intégrés en Estonie afin de semer le trouble et, à terme, annexer l'Estonie à la Russie.
S03E02 - Comme une trainée de poudre
Alors qu’à Tallinn, on fête le centenaire de l’indépendance de la république d’Estonie, Sofia Vesik s’apprête à lancer sa nouvelle application, celle qui permettra à tous les résidents du pays d’avoir les mêmes droits et le même passeport. Y compris pour la minorité russophone, mal intégrée. De son côté, Daniel Miller part vérifier l’existence d’une voie ferrée soi-disant désaffectée qui pourrait avoir servi récemment à transporter des militaires russes. Mais rien ne se passe comme prévu…
S03E03 - Ce mensonge de toujours
La station de Berlin enrôle Rafael Torrest pour retrouver Daniel Miller qui n’a pas donné signe de vie depuis son dernier rapport alors qu’il suivait une piste au milieu d’un territoire hostile. Robert Kirsh est mandaté pour retrouver un vieil ami de la CIA qui s’est mis en tête de livrer ses secrets d’espion à un animateur de podcast.
S03E04 - L'art de ferrer le poisson
Alors que Rafael Torres fait appel à un ami, un militaire anglais en poste à la Base militaire de l’Otan, afin de pouvoir rapatrier en Allemagne ce corps calciné retrouvé à Turba, l’équipe se démène pour obtenir des preuves de l’ingérence russe sur le sol estonien. De son côté, Esther Krug continue son enquête sur un mystérieux intervenant, un certain Diver, qui avait fait libérer Henrik Viiding des geôles de la Stasi, durant la chute du mur de Berlin. Pendant ce temps, un chalutier de pêche est victime d’un grave incident, dans le Golfe de Finlande…
S03E05 - Le rêve de quatre policiers
Alors que Robert Kirsh et Rafael Torres sont envoyés à Vienne pour rencontrer le seul trafiquant d’armes capable de leur indiquer le nom de l’acheteur du stock d’armes retrouvé à Turba, Valerie tente désespérément de convaincre son supérieur à Langley des risques d’une future invasion de l’Estonie par les Russes…
S03E06 - Dans le froid de l'enfer
Valérie et Robert annoncent à B.B qu'ils veulent convaincre l'OTAN de faire voter l'Article Cinq pour venir en aide à l'Estonie et engager une offensive contre la Russie. Mais pour ce faire, ils vont avoir besoin de l'appui des Quatorze membres les plus influents de l'OTAN.De leur côté, Steven Frost et Rafael Torres se rendent à Saint-Pétersbourg pour tenter d'approcher Vassily Krik grâce à l'aide du contact de Frost sur place, qui n'est autre qu'Hector DeJean. Ce dernier a réussi à infiltrer le cercle fermé des gros poissons russes, en devenant un passeur de marchandises de luxe.
S03E07 - Ce que mon oeil craindra de voir
A quelques jours de la session de l'OTAN qui doit statuer sur l'invasion de forces russes en Estonie, Kolya propose à Robert Kirch d'échanger Daniel Miller contre Basarov le plus tôt possible. Le Groupe des quatorze, à savoir les services de renseignement de quatorze pays, doit se réunir pour savoir si l'invasion qui se prépare en Estonie relève de l'article cinq du traité de l'Atlantique-Nord et peut être considéré comme une attaque faite à l'OTAN. Valerie et April cherchent des preuves pour tenter de convaincre ces pays.
S03E08 - La datcha verte
Tandis que Daniel et Hector tentent d'échapper aux hommes de Krik, Steven met enfin la main sur une vidéo compromettante sur Krik grâce à l'aide de son contact en Afghanistan. De son côté, Torres parvient à retrouver Daniel et à lui fournir un portable afin qu'il contacte l'antenne berlinoise. Dès que Valérie et Robert apprennent qu'il est encore en vie, ils demandent à l'état-major de l'évacuer. Mais Steven insiste mystérieusement pour aller le chercher lui-même, prétextant que les Seals n'arriveront jamais à temps. April essaie de découvrir qui a pu piéger les Adeyemi pour s'emparer de leur invention.
S03E09 - La fin de la guerre
La police de Berlin retrouve un cadavre qu'Esther Krug identifie comme étant celui de Daniel Miller. Toute l'antenne de Berlin et Esther Krug sont sous le choc. Les circonstances de sa mort ne sont pas connues et le clan russe est soupçonné, d'autant qu'on n'a aucune nouvelle de Frost. Hector et Torres sont eux aussi portés disparus. Mais Torres est en train de convaincre Platov, qui a repris la tête du complot, de vendre la collection d'art de Krik afin de financer l'invasion de l'Estonie.
S03E10 - Le livre des déchus
Alors que Tallinn est plongé dans l’obscurité à la suite d’une panne de courant, Valérie Edwards et son équipe se démènent pour éviter un probable coup d’état en Estonie, fomenté par un groupe d’intervention à la solde de l’Armée Russe… Pendant ce temps, Robert Kirsh se méfie de plus en plus de Nina Bartek, tandis que Steven Frost, de retour à Berlin après avoir échoué à exfiltrer son ami Daniel Miller, doit s’entretenir au plus vite avec Gilbert Dorn …