Tokyo, 2120. Un drone de transport s'écrase, et les nouveaux inspecteurs de l'Unité Une, Arata Shindo et Kei Mikhail Ignatov, enquêtent. En découvrant que Asahi Rick, le comptable de la compagnie Hyper Transport, a disparu, Arata utilise la Traque Mentale pour le retrouver, mais il est mort.
S03E02 - Les Sacrifices de Teumesse
L'Unité Une poursuit un suspect de l'accident, un cadre de Hyper Transport, Takumi Yonehara, dans un quartier abandonné. Mais quand ils le trouvent, il est déjà mort. Arata et Kei ignorent les ordres de la chef Shimotsuki et partent après le cerveau de l'affaire.
S03E03 - Hercule et les Sirènes
Après sa rencontre avec Karina Komiya, Arata sent quelque chose d'énigmatique en elle, mais n'arrive pas à résoudre l'affaire. C'est alors que Lee Aki, le secrétaire de son adversaire, Kosuke " Hercule " Yakushiji, est assassiné.
S03E04 - Conflit Politique au Colisée
La journaliste indépendante Yayoi Kunizuka rejoint l'Unité Une en tant que consultante d'enquête pour combler l'absence de Kei suite à sa suspension. L'enquête progresse et l'Unité Une découvre le plus grand secret de Karina Komiya.
S03E05 - L'Offrande d'Agamemnon
Une Zone Religieuse Spéciale est établie, où les immigrants peuvent pratiquer leur foi librement. Les leaders religieux se rassemblent pour un événement dans la Nouvelle Ville Mitake, le lieu de la Zone Spéciale, mais il devient la cible d'une attaque terroriste.
S03E06 - Les Pièces d'Or de César
Arata et l'équipe viennent d'apprendre qu'il y a trois autres bombes humaines quand une troisième explosion dans le quartier des usines de la Nouvelle Ville tue Joseph Auma. Au même moment, Kei et Kisaragi ont infiltré le Saut du Paradis à la recherche d'indices sur les attaques terroristes.
S03E07 - Ne T'adresse Pas à Dieu en Vain
Grâce à une Traque Mentale, Arata s'aperçoit que Kurisu est en vie et découvre la vérité derrière les attaques à la bombe. Pendant ce temps, Shimotsuki organise une descente chez le Saut du Paradis et emmène l'Unité Deux pour retrouver Kei.
S03E08 - Cubisme
L'Unité Une commence à découvrir la vérité derrière la série d'incidents et s'associe avec la Section Comportement pour continuer l'enquête. Arata assure la sécurité de la gouverneure qui risque d'être visée à nouveau pendant que Kei organise un piège en utilisant Kisaragi comme appât.