Le docteur Will Halstead doit faire face à la supervision du service des urgences avec le début d'une relation amoureuse. Les compétences en cardiologie du docteur Connor Rhodes sont mises à rude épreuve face à l'arrivée de son compétitif collègue, le docteur Ava Bekker. A la suite de l'agression dont le médecin psychiatre Daniel Charles a fait l'objet, il continue à diagnostiquer mieux que quiconque les maladies mentales des patients mais se retrouve en désaccord avec son interne, Sarah Reese. Ancien chirurgien dans la Marine, le docteur Ethan Choi apporte son expertise et son efficacité au sein de la salle la plus fréquentée des urgences de Chicago où les victimes de violences physiques s'accumulent tous les jours. La directrice, Sharon Goodwin, doit trouver le juste équilibre entre maintenir à flot financièrement le plus grand hôpital de Chicago et s'assurer d'une atmosphère agréable et respectueuse pour les patients.
Natalie prend en charge Brian Cutler victime d'un accident avec sa femme Judith, soignée par Will, qui veut absolument parler à son mari inconscient. Connor s'occupe de Robin qui rentre à la maison mais doit faire face à certains symptômes durant sa convalescence. Le docteur Charles est cité comme témoin au procès de son agresseur, Jack Kellogg. Aidé par Doris et April, Ethan s'occupe de Ryan, un adolescent qui souffre d'une infection d'origine inconnue. L'attitude d'Ethan pousse Doris à soupçonner April de coucher avec lui. Elle ment et nie pour se protéger.
S03E02 - 100% bio
Le Dr Manning prend des mesures extrêmes pour aider une femme enceinte craintive dont le bébé est gravement sous-développé. Avril est mis en colère par le Dr Choi quand il utilise leur relation personnelle comme levier pour convaincre un patient d'une procédure risquée. Alors que le Dr Rhodes essaie d'équilibrer sa vie personnelle et professionnelle, il semble que le stress de sa situation actuelle l'ait amené à faire une énorme erreur. Dr Charles et le Dr Reese continuent d'être en désaccord sur leurs patients psychiques.
S03E03 - Automédication
Les préoccupations financières du conseil causent des tensions entre le chef Goodwin et son personnel. Goodwin est confronté à des choix difficiles. Pendant ce temps, le Dr Charles et le Dr Reece traitent avec un patient qui croit qu'il y a quelque chose qui vit à l'intérieur de son estomac. Le Dr Choi et Halstead travaillent ensemble sur un cas étrange.
S03E04 - Joyeuses fêtes
Dr. Charles apprend un fait troublant au sujet de l'homme qui lui a tiré dessus. Le Dr Rhodes et le Dr Bekker parviennent à s'entendent lors d'une chirurgie compliquée. Will et Natalie sont pris au piège de l'éthique juridique lorsqu'un mari infidèle refuse de parler à sa femme de son test Zika peu concluant. Pendant ce temps, April et Noah découvrent que travailler ensemble n'est pas toujours facile, alors que Goodwin continue de discuter avec le conseil d'administration des coûts hospitaliers après une mort évitable.
S03E05 - Des hauts et des bas
Quand une jeune femme avec des symptômes du VIH et aucune assurance refuse de passer le test, Goodwin et le Dr Choi tentent de la soigner sans porter préjudice aux ressources de l'hôpital. Natalie et Will tentent de diagnostiquer une jeune fille avec une paralysie croissante. Noah traite de son premier décès en tant que résident et prend sur lui d'informer la famille. Sarah continue d'éviter le travail alors que sa peur de la sécurité de l'hôpital augmente.
S03E06 - Un choix irréversible
Ethan tente de diagnostiquer un homme sans symptômes tandis que la paranoïa de Sarah va à l'extrême quand elle utilise un spray au poivre sur un patient agressif. Will traite un jeune couple prêt à tout sacrifier pour avoir un bébé. Pendant ce temps, Natalie doit informer une femme qu'elle a été stérilisée en tant que jeune fille sans connaissance, et Goodwin et Maggie inventer un moyen de persuader les ambulanciers paramédicaux d'amener plus de patients.
S03E07 - Un mal pour un bien
Le Dr Charles ressent une pression lorsque le Dr Choi et le Dr Manning critiquent sa décision médicale concernant un nouveau-né malade. Le Dr Rhodes se réconcilie avec ses problèmes relationnels. Goodwin aide Bert à comprendre la maladie de Lyla.
S03E08 - 3000 calories
Dr. Choi se bat pour aider une femme à faire face à l'anorexie. Après une suspension de deux semaines, le Dr Reese est immédiatement mis à l'épreuve à son retour par le Dr Charles. Le Dr Rhodes prend position lorsque l'un de ses patients est transféré de force. Pendant ce temps, le Dr Halstead est en mission pour que le fils du Dr Manning l'apprécie.
S03E09 - Le courage de lâcher prise
Après avoir découvert que la famille d'un patient pourrait avoir été abusive, le Dr Choi et April envisagent d'appeler les services sociaux. Le Dr Manning et le Dr Halstead éprouvent de la difficulté à voir les choses de la même façon avec une famille et leur bébé prématuré. Le Dr Rhodes est persuadé d'effectuer une chirurgie risquée sur le mentor du Dr Bekker et chirurgien de renommée mondiale, le Dr Marvin Jaffrey. Pendant ce temps, le Dr Reese se joint au Dr Charles lors d'une visite à la prison du comté de Cook.
S03E10 - Au nom de la loi
Natalie et Barry sauvent un homme pris dans une fusillade. Rhodes tente de convaincre Margo, sa dernière conquête, qu'elle doit subir un pontage. Natalie prend en charge Lindsay, une adolescence âgée de 14 ans, mariée légalement à un révérend d'âge mûr, qui souffre des suites d'une fausse couche. Natalie diagnostique un début de cancer. Daniel Charles et Sarah accueillent Ben, obsédé par l'envie d'égorger sa femme, qui veut être interné. Sarah est contre l'internement, prôné par Daniel. Choi et Rhodes stabilisent une autre victime de la fusillade.
S03E11 - Hystérie collective
April et Ethan sont aux premières loges lorsqu’un voisin de ce dernier se fait poignarder par une femme de l’immeuble. Noah fait un mauvais diagnostic sur un patient, ce qui lui attire les foudres du docteur Bekker. Le docteur Charles fait la connaissance du père de Sarah, qui cherche à reprendre contact avec sa fille. Natalie traite un nourrisson atteint de la coqueluche et se heurte aux convictions d’un père qu’elle trouve irresponsable. Maggie apprend que Barry doit comparaître au tribunal, mais elle refuse d’y aller, encore blessée qu’il ne lui ait pas révélé son identité.
S03E12 - Marqué de naissance
Les docteurs Choi et Manning aident une adolescente à accoucher dans un campement pour sans-abri. La jeune fille mineure refuse d'aller à l'hôpital. Elle préfère abandonner son bébé plutôt que de retourner en foyer. Ava et Connor sont en désaccord sur le traitement à administrer à un garçon atteint de la mucoviscidose. L'état du garçon s'aggrave et finalement, ils réussissent à le sauver ensemble. Will tente de raisonner un patient souffrant d'un cancer de se faire soigner. Mais l'homme affirme qu'il veut mourir car sa vie est devenue un enfer. Le docteur Charles en apprend plus sur le père de Sarah.
S03E13 - Des bonnes et des mauvaises surprises
Halstead et Manning sont en désaccord quand une femme prend une décision au sujet de son fils adulte végétatif; Rhodes va derrière le dos de Bekker pour amener son patient au sommet de la liste de transplantation; une femme dans la salle d'attente ne se réveillera pas.
S03E14 - Mesures de confinement
Med se bloque quand un bébé est enlevé; Rhodes doit trouver comment entrer dans la salle d'opération pour aider à une chirurgie à cœur ouvert; Manning et Halstead sont en désaccord sur la façon dont un patient devrait être traité.
S03E15 - Exorcisme
Une mère apporte sa fille en affirmant qu'elle est possédée; Rhodes et Bekker doivent sauver une paire de jumeaux conjoints; Halstead essaie d'attirer l'attention de Manning; Maggie pèse ses options.
S03E16 - Une vérité qui dérange
Le père de Sarah est admis aux soins intensifs, en attente d'un cœur. Elle refuse de le voir. April et Noah s'occupent de Henry Lee. Atteint d'un cancer en phase terminale, il refuse tout soin. April lui promet de retrouver son fils, qui est fâché avec lui depuis des années. Ethan et Will s'occupent de Bo et Carter, gravement brûlés en fabriquant de la drogue. Carter est le filleul de Goodwin et le fils d'importants donateurs de l'hôpital. Il affirme que Bo est le responsable, mais tout indique le contraire
S03E17 - Parents modèles
Après l'admission d'un garçon de 10 ans à l'hôpital, le Dr Manning et le Dr Halstead sont en désaccord sur la façon de traiter les parents du garçon; Dr Rhodes se précipite pour fixer un cœur qui sera donné au père du Dr Reese.
S03E18 - Fusillade meurtrière
Une fusillade a éclaté dans un parc de la ville. Les blessés arrivent en nombre aux urgences de l'hôpital. Le service est rapidement débordé et le protocole d'urgence n'est pas adapté à un événement de cette ampleur. Toute l'équipe soignante est obligée d'improviser et les victimes sont soignées dans tous les espaces disponibles de l'hôpital. La situation se complique d'autant plus que le tireur, lui-même blessé, s'est glissé parmi les victimes amenées aux urgences...
S03E19 - Doutes et certitudes
Le Dr Manning se précipite pour sauver un jeune garçon atteint de la grippe; April soupçonne la sœur du Dr Choi de voler des analgésiques opioïdes; Dr Rhodes et le Dr Bekker sont en désaccord sur le meilleur traitement pour une patiente cardiaque qui est enceinte de 21 semaines.
S03E20 - Point de chute
Le Dr Rhodes hésite à se retirer du cas des frères siamois pour les séparer; Le Dr Choi et April font une découverte surprenante au sujet de sa soeur; Le Dr Charles découvre des informations troublantes concernant le père du Dr Reese.