Suite aux troubles récents, l’émissaire du Président du Gouvernement, l’ambitieuse Susana Torres, conteste l’autorité du Sous-secrétaire. Afin de renforcer son équipe, ce dernier réintègre Irene. Il doit cependant faire face à la défection de Julián, qui, ébranlé, décide de prendre du champ en quittant le Ministère par l’une des Portes.
L'ADN de El Cid en 1053 ne correspond pas à celui retrouvé dans son tombeau en 1099. Le ministère doit donc enquêter malgré la mise à pied de Julián.
S02E02 - Le temps entre vos mains
Un policier venant du Madrid de 1981 est arrêté en 2016 suivant un assassin dans un placard. Son père a vue le même assassin disparaître dans le même placard en 1946.
S02E03 - Le temps des nobles
Pour sa première mission, Pacino devra s'assurer que Cervantes publie Don Quichotte.
S02E04 - Le monastère du temps
L'équipe doit voyager en 1808 pour assurer la survie d'un ancêtre d'une figure clé de la transition espagnol de la dictature à la démocratie.
S02E05 - Un virus d'un autre temps
Susana désobéit lorsqu'elle ordonne le rapatriement d'Irene depuis 1918 après qu'elle ait attrapé la grippe espagnole, mettant un ministère moderne en péril.
S02E06 - Temps magique
Le Ministère de 1924 se contact en 2016, inquiet que l'un de ses agents prévoit de vendre le secret du voyage temporel au plus offrant.
S02E07 - Le temps des courageux - 1ère partie
Alors qu'il se cache à Manille en 1898, Julián promet a un soldat mourant de rapporter un bijou de famille à son amoureuse à Baler, alors que le Ministère surveille ses activités.
S02E08 - Le temps des courageux - 2ème partie
Après avoir découvert la localisation de Julián, Le Ministère envoie Alonso en mission top secrète pour le ramener en 2016. Pendant ce temps, Pacino retourne en 1981 pour le départ à la retraite de son père.
S02E09 - Toile sur le temps
L'équipe visite le Palais Royal de Madrid en 1734 cherchant des toiles qui auraient disparu dans un incendie mais qui réapparaissent aujourd'hui aux enchères.
S02E10 - Séparé par le temps
Un enseignant moderne ressemble étrangement à un artiste oublié de l'entre-deux-guerres, tandis que l'équipe recherche un criminel qui a échappé à l'arrestation en 1912.
S02E11 - Temps des secrets
Un animateur de télévision dénonce le ministère et Salvador doit le convaincre qu'il a mal compris la fonction d'un département gouvernemental très ennuyeux.
S02E12 - Jusqu'à ce que le temps nous sépare
Tout le Ministère est invité au mariage d'Ortigosa. Julián et Amelia ont une conversation attendue depuis longtemps.
S02E13 - Changement de temps
Après la défaite de l'Armada espagnole en 1588, un roi Philippe II désespéré viole les normes du ministère du Temps pour modifier l'histoire en sa faveur.