La station EOS 7 a explosé, Deux et Six ont réussi à s'échapper à temps à bord du Maraudeur, mais les moteurs sont en panne. Seuls les Coms fonctionnent et ils réussissent à joindre le Raza. Cinq et Truffault ont réussi également à s'enfuir et ont rejoint le Raza...
S03E02 - Dans une bulle
Deux, Trois et Six partent à la recherche de l'Hyper Flash, que Ryo/Quatre a récupéré. Il se trouve sur une station de recherche de l'Empire Ishida. Suite à une mauvaise manipulation, l'Hyper Flash les envoie dans une «bulle» de non-espace, qui rétrécit lentement...
S03E03 - Révolution
Le Raza débarque sur une colonie de Traugott pour récupérer Tabor Calcheck, afin qu'il leur propose des missions, pour gagner de l'argent. A la place se présente Adrian, son ancien assistant, Tabor ayant pris la fuite dès les premiers jours de la guerre...
S03E04 - Un éternel recommencement
Trois est coincé dans une bloucle temporelle : il revit tous les jours la même journée. Il tente plusieurs techniques pour s'en sortir. Sur les conseils d'Androïde il va discuter avec Sarah, qui est toujours vivante sous la forme d'un programme informatique...
S03E05 - Echanges
Adrian veut sauver Ambrosia, la copine de Tabor, dont il est amoureux. En échange de l’aide de l’équipage, il leur promet un fichier qui contient les coordonnées d’une base de Ferrous Corp, où ils construiraient une flotte entière de vaisseaux spatiaux, suffisamment pour gagner la guerre.
S03E06 - Une dernière carte à jouer
L’équipage du Raza est aux prises avec leurs doubles venus d’un univers parallèle. Adrian fixe rendez-vous aux doubles «maléfiques» sous prétexte de les aider à vendre la cargaison de missiles qu’ils ont volé à Truffault.
S03E07 - Manipulations
Six a été sauvé par deux scientifiques de Ferrous qui manipulent son esprit. Les membres de l’équipage se rendent compte qu’ils doivent prendre parti dans cette guerre et tout faire pour empêcher Ferrous d’arriver à ses fins.
S03E08 - Chocolat chaud
Les délégués des colonies sont accueillis sur le Raza, où Six tente de les aider à trouver un accord. Mais quand l’un des délégués est retrouvé assassiné, les suspicions vont bon train. Androïde a un comportement étrange, ce qui inquiète Cinq. Elle a en fait été piratée et aide Quatre et ses troupes (sous la forme de clones) à prendre le contrôle du vaisseau grâce à un transfer.
S03E09 - Un voyage inattendu
Tout le monde reprend conscience après que l’Hyper Flash a émis un choc magnétique. L’équipage se réveille 600 ans dans le passé, soit au début du XXIe siècle. L’Hyper Flash est irréparable, et le seul endroit où aller est la planète Terre.
S03E10 - Le créateur
Victor appelle Androïde à la rescousse. Lui et ses amis sont recueillis à bord du Raza.Tout l’équipage se rend alors sur la planète où se trouve le «créateur» d’Androïde. Shaw propose à Trois de donner à Sarah un corps androïde, mais au cours de l’opération l’Autorité Galactique arrive, et tous doivent fuir.
S03E11 - La conspiration Dwarf Star
Le Raza se rend sur Nova 17, là où se trouve un bâtiment de Dwarf Star, d’après le souvenir que Victor a montré à Androïde. Sur place, l’équipage se rend compte qu’il y a des centaines de « simulants », en sommeil. Ils suivent alors une piste pour faire tomber Dwarf Star eux aussi.
S03E12 - Mon dernier cadeau
Jones envoie Cassie à Spearhead en 2020, au moment où elle a perdu sa fille. Elle lui demande de la tuer, pour l’empêcher de créer la machine à voyager dans le temps. Mais une fois sur place, Cassie se retrouve prise au piège d’une boucle temporelle.
S03E13 - Nulle part où aller
Deux ne parvient pas à tuer Ryo, et c'est tant mieux parce que Teku joint le Raza et demande à récupérer son Empereur. En signe de bonne entente, il leur donne les coordonnées de l'endroit où le Maraudeur des doubles de Trois et Deux est allé. Le Raza s'y rend et découvre le véritable chantier naval de Ferrous Corp.