En 2004, X-Files est élue 2ème série culte de tous les temps par le magazine TV Guide. La même année, le personnage de Fox Mulder est 7ème du classement des 25 plus grandes légendes de la science-fiction.
La phrase d'introduction de la série ("La vérité est ailleurs" en VF, "The truth is out there" en VO) s'est classée 9ème au Top 20 des phrases cultes à la télévision publié par le célèbre magazine américain TV Guide en août 2005.
...comme le nombre de fois que l'agent Mulder a vu Plan 9 from Outer Space d'Ed Wood ...comme le numéro de son appartement ... comme le chiffre au centre du roman de science-fiction de Douglas Adams The Hitchhiker's Guide to the Galaxy.
Devenus extrêmement populaires auprès des fans d'X-Files, les Lone Gunmen gagnent leur indépendance en 2001 et deviennent les héros de leur propre série : Au coeur du complot. Mais ce spin-off est un échec et ne survit pas plus de 13 épisodes.
William B. Davis, l'interprète du mystérieux homme à la cigarette, était non-fumeur depuis la fin des années 70 ! Pour les besoins d'X-Files, les producteurs avaient donc fait confectionner des "fausses" cigarettes ne contenant pas de tabac...
Chris Carter est un fervent admirateur du film Les Hommes du Président, réalisé par Alan J. Pakula en 1976. De multiples éléments d'X-Files proviennent de ce thriller politique : le personnage de l'informateur mystérieux, les rendez-vous dans des parkings sombres et la conspiration impliquant les organismes gouvernementaux...
On ne connaîtra jamais le nom du mystérieux homme à la cigarette, pourtant présent dès le premier épisode ! A l'opposé de son personnage, on en sait un peu plus sur William B. Davis, son interprète : son épisode d'X-Files préféré est "Anagramme" (3.24) et, dans la "vraie vie", il est le porte-parole de la Canadian Cancer Society (Agence de lutte contre le cancer canadienne)...
Les 5 premières saisons d'X-Files ont été tournées à Vancouver au Canada. A partir de la 6ème, l'équipe déménage à Los Angeles. A l'époque, certaines mauvaises langues laissent entendre que David Duchovny est à l'origine de cette migration. Souhaitant se rapprocher de sa famille, il aurait en effet menacé de quitter X-Files si la série ne s'installait pas en Californie...
En 2001, la virologiste Anne Simon, consultante sur la série, écrit le livre The Real Science Behind the X-Files: Microbes, Meteorites and Mutants (La science dans X-Files : Microbes, météorites et mutants en VF). Jamais traduit en français, il est publié par la maison d'édition Simon & Schuster. La préface est signé Chris Carter.
Le chien figurant dans l'épisode intitulé "Projet Arctique" (1.08) est le père du chien de David Duchovny, baptisé Blue (Bleu en VF).