Désormais séparés et bien loin des enquêtes du bureau des affaires non résolues, Mulder et Scully tentent de mener une vie normale, chacun de leur côté. Mais un certain Tad O’Malley, un richissime conservateur à la tête d’un site dénonçant les complots gouvernementaux autour de la vie extra-terrestre, va pousser les deux anciens agents du FBI à se retrouver. Le duo ainsi réuni va alors chercher à résoudre une affaire des plus mystérieuses, au sujet d’une personne assurant avoir été enlevée par des extraterrestres. Mulder et Scully vont-ils enfin découvrir la vérité ?