Sydney, 1988, un élève d’une école catholique disparaît. Deux membres du clergé local décident de le chercher. Parallèlement, la paroisse traverse une période de crise et le cardinal de Sydney décide d’engager un professionnel pour aider les prêtres. Tom Allen, psychiatre, père de deux enfants et veuf depuis peu, accepte de devenir leur conseiller. Au fil des séances Tom va découvrir un scandale que l’Eglise a tenté d’étouffer.
S01E02 - In persona Christi
Tom peine à se remettre de la mort de son épouse, puis de l'échec de sa relation avec Alice. Le corps du garçon disparu est retrouvé, assorti d'un message cryptique, suggérant que sa mort n'est pas le fruit d'un accident. Le Père Andrassi devient un nouveau client de Tom. De son côté, influencé par Brendan, Quaid s'interroge à propos des secrets qui sont abrités par son église...
S01E03 - Faux-semblants
Tout le monde connaît l’identité de l’auteur de la note au sujet du meurtre de Peter. Tandis qu’Alice tente de s’approcher d’Elliot pour en savoir davantage, Tom sent que l’attitude de son fils David lui échappe. On fait à Tom des révélations qui risquent bien de remettre en cause les agissements du cardinal McNally.
S01E04 - Le pardon
Tom fait part à l'évêque McNally de ses préoccupations au sujet de l'affaire en cours. Des confidences qui ne sont pas sans conséquence puisque peu après cette conversation, il découvre que sa maison a été cambriolée. Pendant ce temps, un nouveau drame se joue : un autre garçon est porté disparu...
S01E05 - Le tourbillon et la tempête
Les soupçons pèsent de plus en plus lourdement sur le père Andrassi. Tom fait le lien entre lui et la mort de Peter. Vincent, quant à lui, enquête sur les dernières affaires de prêtres pédophiles qui auraient été étouffées par l’Église. Après s’être réfugié dans une institution catholique pour échapper au père Andrassi, Elliot s’apprête enfin à révéler la vérité à Tom et à frère Warner.
S01E06 - La loi du silence
Vincent révèle à Margaret Wallas les actes pédophiles commis par le père Andrassi. Si Margaret souhaite tout révéler aux médias, Vincent est plus réticent. Toujours traqué par les hommes de McNally, Tom soutient Alice et les parents d’Elliot qui cherchent un moyen de faire cesser les agissements d’Andrassi. Alors que l’influence de l’Église pèse comme une chape, Brendan décide de se venger seul du père Andrassi.