Pour empêcher des pirates informatiques de lancer une attaque nucléaire contre le pays, toute l’équipe de Scorpion devra se mobiliser et mettre à l’écart ses problèmes personnels. Alors qu’Happy avoue à Toby un secret qui la ronge, Walter surprend Paige embrassant un autre homme. Par ailleurs, Sylvester est pressenti pour devenir le prochain conseiller municipal de la ville, mais sa mysophobie pourrait être un obstacle à ses nouvelles ambitions.
Les membres de l'équipe Scorpion doivent mettre de côté leurs soucis personnels lorsque des hackers anonymes gagnent le contrôle d'avions et bateaux de l'Armée américaine et prennent pour cible plusieurs métropoles du pays.
S03E02 - La guerre est déclarée (2/2)
Tandis que les membres de l'équipe Scorpion préparent l'offensive contre les hackers contrôlant les contre-torpilleurs américains, ces premiers apprennent qu'un sous-marin nucléaire a lui aussi été piraté, dont un missile est sur le point d'être lancé.
S03E03 - Perdu dans l'espace
Une compagnie sur le point d'organiser le premier vol spatial habité demande à Scorpion de rendre fonctionnel un accélérateur conçu à partir d'une invention de Walter. Alors que ce dernier intervient dans la fusée, une tempête se déclare et la foudre actionne le décollage de l'engin spatial…
S03E04 - Des enfants pas comme les autres
Daniel, un camarade de classe de Ralph atteint d'autisme non verbal, disparaît lors d'une sortie scolaire après avoir malencontreusement échangé sa tablette avec un criminel en repérage sur place. Pendant ce temps, Toby est sur le point de découvrir l'identité du mari d'Happy…
S03E05 - Une nuit au musée
Assignés à une mission de nuit bénigne au musée d'histoire naturelle, les membres de Scorpion tombent sur des criminels infiltrés dans le bâtiment. Avant cela, Toby venait d'apprendre que Walter et Happy se sont mariés six ans plus tôt pour que ce dernier obtienne sa carte de résident américain…
S03E06 - Chauve qui peut !
Le jour d'Halloween, avant que Walter et Happy ne reçoivent une visite des services d'immigration, les membres de Scorpion partent en mission de spéléologie dans une grotte d'Arizona. Partis guérir des chauve-souris malades afin d'empêcher un dérèglement de l'écosystème, leur mission va prendre une autre tournure avec le sauvetage d'un couple de zoologistes…
S03E07 - Votez Scorpion !
Le jour des élections présidentielles, Scorpion est mandaté par le Président pour une mission, de laquelle Walter est exclu étant donné qu'il est suspecté de fraude à la citoyenneté. L'équipe, qui doit comprendre pourquoi les serveurs des machines de comptage des votes sont en surchauffe, découvre qu'un logiciel espion est à la manœuvre en vue de manipuler les résultats de l'élection…
S03E08 - Une balade irlandaise
Un an après le décès de Megan, une procession en son honneur est organisée dans le petit village irlandais de la famille O'Brien, à laquelle toute l'équipe Scorpion est invitée. Sur place, Walter détecte une catastrophe géothermique imminente et doit convaincre sa famille de croire en lui…
S03E09 - Le dossier Véronica
Alors qu'elle se décarcasse pour préparer le repas de Thanksgiving, Paige a la désagréable surprise de tomber sur sa mère comme nouvelle cliente pour une mission. Au service d'investisseurs immobiliers, Véronica Dineen a découvert, caché dans le sous-sols d'un vieux bâtiment, un réacteur nucléaire que l'équipe Scorpion doit mettre en sécurité au plus vite…
S03E10 - Le seigneur des marais
Walter et son équipe doivent secourir une femme piégée dans sa voiture immergée dans une nappe de goudron. La mère de Paige, qui a proposé de garder son petit-fils pendant cette mission, révèle ses dons d'escrocs lors d'une vente de cookies…
S03E11 - Un Noël presque parfait
Le réveillon de Noël s'engageait bien pour les membres de Scorpion, réunis dans un chalet coupé du monde, jusqu'à ce qu'ils tombent sur un agent infiltré de l'ATF poursuivi par des trafiquants d'armes… Intégré à part entière dans l'équipe, Tim doit prendre une décision sur son affectation au Moyen-Orient.
S03E12 - Le Cabe de glace
Cabe est grièvement blessé par l'explosion d'une turbine au cours d'une mission dans le désert. Pour procéder à une opération d'urgence, les membres de l'équipe doivent d'abord geler le corps de leur chef…
S03E13 - Fausse monnaie, vrais problèmes
Lorsqu'une partie de l'équipe Scorpion est kidnappée afin de produire des faux dollars pour une nation étrangère et hostile, Paige doit compter sur les compétences de sa mère, qui maîtrise les techniques de contrefaçons.
S03E14 - Les bouche-trous
Scorpion aide des foreurs à localiser une fuite dans une conduite d'eau lorsqu'un gouffre géant se forme, risquant d'engloutir un silo de produits chimiques au sommet duquel un homme est coincé. Paige aide sa mère à récupérer son argent caché et à se débarrasser d'un homme à ses trousses…
S03E15 - Un geek à la mer
Une entreprise de sauvetage maritime embauche Scorpion pour localiser un trésor sous-marin. Séparée en deux équipes, la mission tourne au drame lorsque le bateau de Walter et Paige explose et que tous deux se perdent en mer, encerclés par des requins…
S03E16 - Que le meilleur gagne
Scorpion doit exfiltrer une championne d'échecs lors d'une compétition internationale dans son pays, une dictature de l'Est sur le point de l'identifier comme espionne pour le gouvernement américain.
S03E17 - Very bad flip
L'équipe s'envole pour le Groenland afin de réinitialiser le système défectueux d'une cave à graines internationale. Sur place, Sylvester, Cabe et Happy inhalent une poussière de champignon provoquant des hallucinations liées à leurs pires phobies…
S03E18 - Dans sa bulle
Après le passage d'une forte tempête, une amie d'Happy au système immunitaire défaillant est en péril lorsque des débris menacent de percer sa bulle stérile. Scorpion doit trouver le moyen de déplacer la jeune femme sans risquer sa vie.
S03E19 - Malin comme un singe
Pour éviter un virus mortel de se transformer en pandémie dans toute l'Amérique du Sud, un membre de l'OMS demande à l'équipe Scorpion de déterminer si une espèce particulière de singes, immunisée contre ce virus, pourrait permettre de développer un vaccin. L'équipe se rend donc en pleine forêt amazonienne…
S03E20 - Deux filles dans le vent
Appelée pour réparer la turbine d'une éolienne, la mission de Scorpion va tourner au sauvetage de deux des leurs lorsque Paige et Happy se retrouvent bloquées à 100 mètres du sol dans la cabine d'un téléphérique sur le point de chuter…
S03E21 - Le corps céleste
Scorpion est engagée par un état voisin pour récupérer une capsule spatiale, contenant un astéroïde, qui menace de s'écraser sur Terre. Une fois la capsule récupérée, l'équipe se rend compte que LE corps céleste contient des pathogènes inconnus potentiellement mortels et qu'il faut le détruire, quitte à se dresser contre le gouvernement qui les emploie…
S03E22 - En avant Mars !
Sollicités pour réparer le réacteur d'un dôme biologique développé pour la NASA pour la planète Mars, les membres de Scorpion vont devoir affronter une mission plus difficile que prévue. Les conditions particulières du dôme font émerger les souvenirs de la fusée à Walter, qui le pousseront à prendre une décision radicale…
S03E23 - Le plus beau jour de leur vie
C'est le jour du mariage entre Happy et Toby mais Scorpion accepte une mission de dernière minute à East Lake. Un incendie souterrain menace un câble de télécommunication et se rapproche dangereusement d'une centrale nucléaire…
S03E24 - Les Naufragés - 1ère partie
Après le mariage de Toby et Happy, Scorpion a accepté une mission à Tahiti mais leur avion s'abime sur une île déserte. En plus de sauver le pilote, blessé dans le crash, l'équipe va tenter d'alerter un cargo à l'approche…
S03E25 - Les Naufragés - 2ème partie
Trois semaines se sont écoulées depuis le crash de leur avion sur une île déserte et les membres de l'équipe Scorpion se déchirent pour trouver une échappatoire. Toby opte pour l'option radeau tandis que Walter tente de créer un champ électromagnétique pour alerter les secours…