Lucious, qui est maintenant un fugitif recherché, essaie d'échapper au gouvernement fédéral. Cookie reste occupée en se concentrant sur sa marque en dehors d'Empire, qui comprend désormais un talk-show et un centre communautaire.
Andre, actuellement assis sur le trône d'Empire, est confronté à plusieurs personnes qui souhaitent désormais faire partie de la société et Hakeem se concentre sur le rôle principal du premier film d'Empire. Pendant ce temps, Becky et Giselle cherchent leur premier artiste pour leur label Bossy Media.
S06E02 - La Part De Dieu, l'Œuvre Du Diable
Pendant que Lucious est toujours en fuite, Cookie confronte Damon pour expliquer pourquoi il lui a menti. Andre, qui a lui-même subi un traumatisme personnel, est soudainement obligé de faire face à une complication familiale imprévue. Pendant ce temps, Becky et Giselle tentent d'obtenir leur pouvoir qu'elles ont besoin pour leur premier artiste de Bossy Media et Tiana tente d'aider Devon à trouver son son.
S06E03 - Hallucinations
Alors que le plan de Lucious de fuir le gouvernement fédéral ne se déroule pas comme prévu, Cookie se retrouve dans une situation dangereuse avec Damon. Andre est hanté par un fantôme de son passé qu'il ne semble pas pouvoir ébranler et Tiana reçoit une réaction innatendue de la part de ses fans, au sujet d'un post publié sur les médias sociaux. Pendant ce temps, Becky enregistre son nouvel artiste, et est surprise par la visite inattendue d'un membre de la famille.
S06E04 - Duel
Une heureuse occasion familiale rassemble la famille Lyon, mais il devient évident que personne ne semble vouloir se regarder dans les yeux.
S06E05 - Le Mythe
Lucious, toujours obsédé par son passé, tente de réparer ses torts avec un vieil ami.
S06E06 - Cœur De Pierre
Candace et Carol emmènent Cookie lors d’un voyage entre filles à Miami pour s’amuser et essayer de lui faire oublier Lucious.
S06E07 - Le Lion Et Son Petit
Après avoir réalisé que la musique était son véritable premier amour, Cookie entreprend des démarches pour revenir dans le monde de la musique et propose d'organiser un événement pour faire connaître Bossy Media.
S06E08 - Quand Le Passé Nous Rattrape
De retour dans la musique, Cookie découvre un artiste au talent brut que Lucious a renvoyé il y a des années.
S06E09 - Tout Ou Rien
Hakeem s'inquiète des modifications apportées par Lucious au script du film, obligeant Lucious et Cookie à se réunir pour raconter les événements qui ont conduit à l'évolution d'Empire.
S06E10 - La Cérémonie Des ASA
Cookie devient frustré par Lucious, qui a du mal à accepter que leur relation soit terminée.
S06E11 - Méfiance
Le monde des Lyon est bouleversé à cause d'une perte qui oblige l'un des membres de la famille à faire face à un traumatisme non résolu du passé.
S06E12 - Fantôme Malsain
Lucious essaye de faire signer Yana dans son label mais ils reçoivent de mauvaises nouvelles de la part des dirigeants d'Empire. Pendant ce temps, Cookie continue à essayer de se remémorer un secret oublié qu'elle a depuis plusieurs années. Lala, se sentant négligée par les chefs de Bossy Media, prend des initiatives risquées.
S06E13 - Quand Tout S’effondre
Cookie continue de garder ce secret auprès de ses sœurs mais Lucious cherche à l'aider pour aller de l'avant. Lorsque Treasure ne peut pas se produire au prochain concert, Becky suggère à Yana de prendre sa place. Pendant ce temps, Giselle n'arrive plus à cacher sa famille à Julian, Maya envisage sa propre carrière et les dernières actions d'André mettent Quincy dans une mauvaise situation.
S06E14 - Je Suis Qui Je Suis
Lors d'un voyage, Cookie, Candace et Carol se remémorent un douloureux souvenir, mettant en lumière leur enfance et révélant des secrets déchirants du passé. Lucious utilise quelque chose de spécial du passé pour donner à Yana sa grande pause. Pendant ce temps, Maya élabore un plan pour générer plus de buzz pour le film "Birth of an Empire" et Teri a de plus en plus peur d'Andre.
S06E15 - Malgré Tout
Le mariage d'André et Teri approche à grand pas mais le mauvais côté d'André apparaît de plus en plus, ce qui effraie de plus en plus la mariée. Cookie fait de remarquables découvertes en fouillant dans les comptes de Bossy Media, ce qui provoque une confrontation rude avec Giselle. En même temps, Yana retombe amoureuse de Lucious et Maya jette son dévolu sur Hakeem.
S06E16 - Quand On Vous Aime
Après la dépression nerveuse d'André, Cookie et Lucious l'installent dans le même hospice que Leah et la culpabilité gagne Cookie quand elle se demande ce qu'il se serait passé si elle ne serait jamais partie en prison. Pendant ce temps, Becky n'arrive pas à trouver un juste milieu entre ces relations personnelles et professionnelles et Hakeem et Maya se retrouvent dans une situation loin d'être idéale après une nuit d'ivresse à Vegas.
S06E17 - Au-Dessus de tout
Lucious continue de diriger Empire et découvre certains des faux pas d'André et Kelly Patel. Pendant ce temps, Cookie tente de relancer le BossyFest mais rencontre des obstacles majeurs de la part des ASA. De plus, le partenariat improbable de Hakeem et Maya s'avère bénéfique et Becky fête son anniversaire.
S06E18 - Pour Toujours
Alors qu'elle organise le lancement du Bossyfest et qu'elle lutte pour reprendre le contrôle d'Empire, Cookie réfléchit à sa vie et à la femme qu'elle est devenue. Lucious trouve impossible de nier ses sentiments pour Cookie, tout en continuant à soutenir Yana et son ascension vers la célébrité. Lorsque les Lyon sont confrontés à leur plus grande menace, Lucious se prépare pour la bataille de sa vie et se rend compte qu'au final, c'est la famille qui compte le plus.