Alors qu’il rendait visite à sa mère, qui souffre de la maladie d'Alzheimer, Pride est rappelé auprès de son équipe et obligé de suspendre Hannah pour avoir enfreint le protocole lors d'une enquête conjointe avec le FBI.
S06E02 - L'énigme du terminator
Le NCIS enquête sur le crash d'un avion privé après qu'un pilote de la Marine a déclaré avoir vu un objet non identifié avant l'accident. En outre, Pride souffre d'insomnie et de cauchemars après avoir été kidnappé et drogué l'an passé.
S06E03 - Mauvaise graine
Pride se rend à New York lorsqu’une preuve ADN apporte un nouvel éclairage à une enquête vieille de 20 ans lorsqu’il était au bureau du shérif du Jefferson.
S06E04 - Disparitions
L’équipe enquête sur un centre de détention privé mandaté par le gouvernement pour héberger des migrants sans papiers. Lasalle et Sebastian se rendent en Alabama à la recherche du frère de Lasalle qui a disparu.
S06E05 - Mensonges et espionnage
Le lieutenant Max Landry demande l'aide du NCIS lorsqu'il soupçonne sa petite amie d'être une espionne. Lasalle est confronté à une nouvelle impasse alors qu’il cherche la dernière adresse connue de son frère.
S06E06 - Paix éternelle
LaSalle espère venger son frère en traquant ceux qu’il tient pour responsables de son meurtre. Pride, qui l’aide dans cette affaire, va croiser des individus qui en savent plus qu'ils ne veulent le dire.
S06E07 - Boom boom boom boom
Après une explosion de gaz dans un cinéma, l'équipe découvre que la compagnie de gaz a été piratée et que de nouvelles explosions pourraient être déclenchées…
S06E08 - L'ordre de la mangouste
Sebastian était chargé de protéger le fils d'un dignitaire. Mais le jeune homme disparaît lors d'un concert. L'agent Lund décide alors de faire appel à l'équipe du NCIS pour l'aider à le retrouver et déterminer s'il s'agit d'un enlèvement ou d'une fugue.
S06E09 - Coûte que coûte
Après que le suspect numéro un du meurtre de l'agent LaSalle, Eddie Barrett, ait fourni un témoin comme alibi, Pride et son équipe sont plus déterminés que jamais à trouver une issue à l'affaire et à venger leur ami.
S06E10 - La récompense
Après l'affaire Eddie Barrett, Pride est mis à pied. L'enquête avait révélé un complot malveillant. Le hasard va alors rassembler les deux hommes, qui vont se retrouver malencontreusement enfermés ensemble.
S06E11 - Mauvaise lune
L'équipe s’inquiète lorsque Sebastian devient injoignable alors qu’il mène sa première infiltration sous-couverture.
S06E12 - En attendant Monroe
Le NCIS doit identifier une tueuse mystérieuse qui a commis des meurtres à Athènes, Rome et Londres. Par ailleurs, le fils de Loretta obtient de suivre la police le temps d’une mission pour écrire un article sur le programme d’intégration des jeunes dans la police de la Nouvelle-Orléans.
S06E13 - La source de tous les maux
Pride et son équipe enquêtent sur le meurtre d'un capitaine du JAG, découvert chez lui par sa fille, seule héritière de son patrimoine. De son côté, Sebastian est intimidé de se retrouver à la tête d'une équipe lors d’une journée de formation.
S06E14 - L'homme au costume rouge
Pride, qui ne trouve plus le sommeil en raison de ses cauchemars continus sur l'homme au costume rouge, subit un traitement spécial pour l'aider à identifier cette personne. Quentin Carter, un agent spécial plutôt arrogant, intègre l'équipe.
S06E15 - Retrouvailles
Tammy Gregorio doit protéger Rachel, une adolescente dont le père a été tué par balles à leur domicile, pendant que le reste de l'équipe essaye de trouver un mobile.
S06E16 - Orgueil et préjugés
Lorsqu'un homme usurpe l'identité de Lasalle pour tenter de faire sortir une jeune femme de prison, le NCIS enquête à la fois sur l'imposteur et la prisonnière. Par ailleurs, la fille de Pride lui rend une visite surprise.
S06E17 - Préjugés
Des tensions raciales surviennent à la Nouvelle-Orléans lorsqu’un policier tire sur un officier de la Navy noir, qu'il pensait être armé, au milieu d'une fête de quartier.
S06E18 - Une femme nouvelle
Lorsqu'un Marine est retrouvé mort, l'équipe retrace les comportements suspects de son entourage avant son meurtre. Hannah doit accepter la relation entre sa fille et la nouvelle petite amie de son ex, Veronica.
S06E19 - Monolithe
Après que Sebastian a échoué à empêcher un enlèvement, l’équipe se met en quête de retrouver la femme disparue et ses ravisseurs. Les agents en apprennent davantage sur la vie privée de l'agent Carter.
S06E20 - Prédateurs
Le NCIS enquête sur la mort d'un microbiologiste de la Marine dont le passe-temps en tant que "chasseur de mythes" a entraîné sa mort. Par ailleurs, Hannah mène une investigation sur les actions antérieures du directeur adjoint Van Cleef, qui l'a récemment rétrogradée pour des allégations erronées...