Dwayne Pride, touché par plusieurs balles, git au sol, entre la vie et la mort. Se tenant aux côtés de son coéquipier, LaSalle hésite d'abord à se précipiter à la poursuite de la tueuse. Mais lorsque Sebastian le rejoint et prend les choses en main et qu'il voit Amelia Parsons sauter du balcon de Pride, LaSalle se lance à ses trousses...
S05E02 - Nouvelle recrue
À la recherche d'un ancien terroriste de l'IRA entré clandestinement en ville, l'équipe est rejointe par l'agent spécial Hannah Khoury qui remplace Pride pendant son congé médical. Pendant ce temps, Pride envisage de prendre un nouveau poste au NCIS.
S05E03 - Immunité diplomatique
Pendant que le NCIS enquête sur le meurtre d'un officier des renseignements de la Marine lors d'une réunion diplomatique, un témoin-clé se rapproche de Sebastian. Pride, lui, doit s'adapter à son nouveau poste.
S05E04 - Héritage
Le NCIS enquête sur le meurtre d’un quartier-maître dont on retrouve le corps sous un bateau de pêche. Par ailleurs, Pride prête main forte à LaSalle sur les affaires de son père ; l'entreprise de ce dernier étant toujours sous le coup d’une fraude fiscale.
S05E05 - Les liens du sang
Les corps de quatre nationalistes blancs sont découverts dans un ancien garde-meuble. À proximité, le NCIS trouve une boîte de souvenirs appartenant à Pride lorsqu'il était enfant. Ce dernier va devoir se remémorer le passé et faire la lumière sur celui de son père, Cassius Pride, tout juste libéré de prison…
S05E06 - Un lourd tribut
Ginny Young, l'assistante de Pride, a été victime d'une tentative d'enlèvement. Le NCIS découvre des preuves qui pourraient mettre en cause un trafiquant d'organes. Pride se tourne vers son ami Calvin Atkins, commandant dans la Navy et médecin, pour des conseils médicaux et spirituels...
S05E07 - Chiens de berger
Après l’explosion meurtrière d’un véhicule dans le quartier français, le NCIS suit la piste d'un groupe étudiant protestataire et interroge un professeur ancien membre de l’organisation. Par ailleurs, Tammy découvre un secret sur la vie personnelle d'Hannah...
S05E08 - La famille
Le NCIS place Mateo Diaz, ancien membre d'un gang devenu indic, en détention pendant qu'ils enquêtent sur le meurtre de son instructrice militaire. Pride demande à son demi-frère Jimmy Boyd de l'aider à gagner la confiance de Mateo.
S05E09 - Évaluation des risques
L'équipe du NCIS enquête sur le meurtre d'un contractant de la Navy qui, à l'insu de tous, a vécu une double vie pendant des décennies, avec deux femmes, deux familles et deux carrières.
S05E10 - Compte à rebours
Alors que Pride fait son jogging, il est capturé par deux hommes masqués qui l'obligent à faire une série de délits pour sauver la vie de Wade et Cassius qui ont été enlevés.
S05E11 - L'ennemi invisible
Un journaliste publie un article à charge contre Pride et ses méthodes, avec des informations confidentielles provenant d'une fuite au sein du NCIS. Rita Devereaux informe alors Pride que cette vendetta vient directement de Washington.
S05E12 - Desperate Navy wives
L'équipe enquête sur un braquage qui a mal tourné. En mission sous couverture, Tammy Gregorio rejoint un club pour femmes de militaires après qu'un des membres a été contacté par un ancien petit ami figurant.
S05E13 - Virus X
Un scientifique de la Navy a disparu après une fusillade dans un laboratoire. Le commandant Rufus Nero, du service de renseignement, se joint à l'enquête. L'équipe découvre qu'un virus rare et mortel a également été volé…
S05E14 - Théories du complot
L'équipe de Pride enquête sur le meurtre d'un informateur d'Oliver Crane, le journaliste et spécialiste des théories du complot. Liam Sommers, l'ancien partenaire d'Hannah, revient lui faire une visite pour lui donner des informations importantes sur une de ses anciennes affaires.
S05E15 - Panier de crabes
L'équipe enquête sur une série de meurtres liés à une compagnie à l'origine de la création d'un procédé révolutionnaire pour la sauvegarde des océans.
S05E16 - Survivre
Un terroriste insaisissable souhaitant se venger d'Hannah refait surface. La jeune femme est donc placée sous protection avec sa famille pendant que le NCIS met tout en œuvre pour localiser et neutraliser le tueur.
S05E17 - Le compte est bon
Après un remaniement du service, Pride n'est plus l'agent spécial responsable du Sud-Est. Il est renvoyé au bureau de la Nouvelle-Orléans pour une enquête sur la disparition d'un quartier maître dans un village reculé.
S05E18 - En pleine lumière
L'équipe enquête sur le meurtre d'un ancien Marine et ami de Patton Plame lors d'une fusillade à laquelle ce dernier a assisté, impuissant, à la scène…
S05E19 - Une famille divisée
Un lieutenant de la Marine issu d'une famille aisée et influente de la Nouvelle-Orléans a été victime d'une chute mortelle lors d'un gala de charité. Le NCIS enquête pour déterminer s'il s'agit d'un accident ou d'un acte criminel.
S05E20 - Jackpot
Pride est sur le point de quitter la ville lorsque l'équipe reçoit une nouvelle affaire. Un recruteur de la Marine a été tué près d'un bar après qu’une jeune femme l'a attiré dehors. Elvis Bertrand vient demander l'aide de Pride pour innocenter sa fille, impliquée dans l’affaire.
S05E21 - Aie confiance
Tammy est convaincue de la culpabilité d'un escroc dans le meurtre d'un médecin militaire bien que les preuves montrent le contraire. Pride continue d'enquête de la mort de son père et obtient des informations sur le réseau clandestin à l'origine de l'assassinat…
S05E22 - La théorie du chaos
Le NCIS doit déjouer un projet d’attentat dans un musée militaire qui accueille plusieurs milliers de personnes chaque jour.
S05E23 - La rivière Styx - 1ère partie
Pride et Lasalle se rendent en Russie pour retrouver l'agent Isler. Ce dernier a été kidnappé lors d'une mission visant à appréhender le dirigeant du réseau clandestin Apollyon, responsable du meurtre du père de Pride.
S05E24 - La rivière Styx - 2ème partie
Séparé de son équipe, Pride est mis à rude épreuve. Pour le localiser, le NCIS cherche à identifier la taupe qui transmet des informations à Apollyon.