Alors que Pride est toujours sous probation après l'affaire du maire Hamilton, son équipe est surveillée de près par l'agent spécial Paula Boyd. Quand le FBI arrive pour prendre en charge un cas impliquant une grande plate-forme de déchets nucléaires volés, l'équipe doit enquêter secrètement de son côté.
S04E02 - Kidnapping
Alors qu'elle se prépare à partir en voyage de pêche, Martha Roberts, un dénonciateur imprévisible qui appelle son mentor Pride, l'enlève pour l'aider à localiser un tueur en série ciblant les jeunes femmes dans le golfe du Mexique.
S04E03 - Agents doubles
Pride and the Gang font équipe avec le FBI pour trouver un Russe avec des informations importantes sur les traverses aux Etats-Unis.
S04E04 - Esprit‚ êtes-vous là ?
L'équipe enquête sur un meurtre, similaire à une affaire non résolue datant d'il y a 150 ans et qui a donné naissance à une légendaire histoire de fantômes; Gregorio est effrayé lorsque l'affaire est liée à une séance récente.
S04E05 - Seul contre tous
Sebastian est placé en congé administratif lorsque le FBI remet en question sa réponse dans une poursuite à pied pour appréhender un fugitif de grande valeur.
S04E06 - Chercher la femme
Le meurtre d'un officier marinier conduit Pride et son équipe à une femme mystérieuse qui cible des hommes ayant une habilitation de sécurité élevée. De plus, le père de Lasalle, Beau, arrive en ville pour discuter de l'entreprise familiale.
S04E07 - L'accident
Patton doit travailler avec son ex-femme, qui mène un essai clinique sur les implants cérébraux chez les vétérans.
S04E08 - Sur les traces du père
Le fils de Wade est attaqué à la maison de sa petite amie et appelle Pride à l'aide quand elle disparaît.
S04E09 - Dans la rue
Pride doute face à des enfants sans-abri soupçonés d'avoir assassiné un officier marinier.
S04E10 - Miroir, mon beau miroir
Après que Rita Deveraux dit à Pride que Douglas Hamilton est sur le point de sortir de prison, Pride et l'équipe reprennent l'affaire Clearwater dans l'espoir de retrouver son partenaire mystérieux et gâcher sa monnaie d'échange.
S04E11 - La part du monstre
Percy reconnecte avec son ancien partenaire ATF lorsqu'un vol à main armée et une poursuite à grande vitesse sont connectés à une opération ATF sous couverture.
S04E12 - Le chacal
Sebastian reçoit un appel à l'aide de son ami du lycée, Adrian Conner, après que son partenaire d'affaires soit tué à la convention de jeu de Crescent City. En outre, l'agent spécial du FBI, Raymond Isler, croit que Adrian est un pirate informatique que la division Cyber Crimes suit depuis des années.
S04E13 - Famille de cœur
Le meurtre d'un officier marinier conduit l'équipe dans une boîte de nuit familiale où la mère de Pride se produisait chaque semaine. De plus, Lasalle doit de toute urgence rentrer chez lui en Alabama après avoir reçu un appel inattendu de sa famille.
S04E14 - Une nouvelle ère
L'équipe enquête sur le meurtre d'un officier marinier qui aidait une famille de réfugiés recrutée par des terroristes.
S04E15 - La dernière étape
Pride aide l'agent spécial du FBI, Isler, à enquêter sur un vol d'opiacés.
S04E16 - Empathie
L'équipe enquête sur la disparition d'un collaborateur du Congrès après qu'un tueur à gages l'ait sauvée de deux hommes se faisant passer pour des agents.
S04E17 - La chasse au trésor
L'équipe enquête sur le meurtre d'un capitaine de corvette de la Marine qui cherchait une fleur de lys de marbre et d'or vieille de 200 ans lors du festival annuel des pirates de la Contraband Days.
S04E18 - L'heure des choix
Pride, Sebastian et Tammy vont en Amérique du Sud quand un vieux collègue demande de l'aide à Pride pour une opération qui a été compromise.
S04E19 - Sauver la mise
Percy et Lasalle partent sous couverture et se retrouvent dans une partie de poker après que l'organisateur ait ciblé des joueurs ayant accès à un laboratoire de recherche navale. De plus, Laurel Pride rend visite à son père pendant les vacances de printemps pour discuter des options après son diplôme.
S04E20 - Dans l'œil du cyclone
Un groupe de voleurs volatiles tiennent en otage Pride et ses clients.
S04E21 - Briser les chaînes
Gregorio fait appel à Claire McDermott, son ancienne professeur de sciences du comportement, lorsque le dernier cas de l'équipe correspond à celui qu'elle a étudié pendant son entraînement au FBI.
S04E22 - L'ennemi invisible
Lorsque le journaliste Oliver Crane publie un article cinglant sur «l'utilisation imprudente de la justice par Pride», l'équipe est préoccupée par les retombées et les informations confidentielles incluses dans l'article. En outre, Rita Devereaux prévient Pride que quelqu'un à Washington a orchestré cette attaque contre lui, et l'article n'est que le début.
S04E23 - Échec et mat - partie 1
Pride recrute une équipe non officielle pour effacer son nom, mais surtout il sauve NOLA. Avec sa nouvelle équipe et avec l'équipe du NCIS habituelle, Dwayne est-il capable de sauver NOLA à nouveau ou est-ce que cela va lui coûter cher?
S04E24 - Échec et mat - partie 2
La nouvelle équipe de Pride et le NCIS découvrent un complot sinistre pendant la célébration de la semaine du flot tricentenaire de La Nouvelle-Orélans...