Le NCIS de la Nouvelle-Orléans est appelé suite à la découverte d'une jambe de quartier-maître dans une cargaison de crevettes sur les docks. Dwayne Pride fait le lien avec la disparition d'un Marine qu'il avait aidé à sortir de la délinquance et dont le père est un ami musicien. Parallèlement à cette enquête, l'agent Meredith Brody, nouvelle recrue dans l'équipe, cherche un endroit calme où habiter suite à sa mutation à la Nouvelle-Orléans...
S02E02 - Se préparer au pire
Un officier en permission est renversé par un taxi après avoir eu un comportement étrange lors de la soirée. L'autopsie du Dr Loretta Wade révèle alors que l'homme est mort de la peste bubonique, mortelle et très contagieuse. Pour empêcher le virus de se propager et trouver son origine, Pride va bénéficier de l'aide de l'agent Anthony DiNozzo, qui a développé une tolérance à la peste après l'avoir contractée 10 ans plus tôt…
S02E03 - Juste à côté du soleil
La première femme pilote à avoir obtenu la silver star se crashe à bord d'un avion de chasse lors d'une démonstration d'acrobatie aérienne. La Secrétaire d'État à la Navy vient informer le NCIS que le déploiement de cet avion de dernière génération est suspendu dans l'attente des résultats de l'enquête, qui devra déterminer s'il s'agit d'une erreur humaine ou d'une défaillance mécanique…
S02E04 - La menace venue du ciel
Un réserviste de la Navy et pilote de drone expérimenté est retrouvé mort lors d'une cérémonie de mariage. Le NCIS découvre que l'homme s'était procuré un drone de contrebande pour mener des opérations de surveillance aérienne de plusieurs bases militaires…
S02E05 - Affaires étrangères
Le corps d'un lieutenant australien est retrouvé après un incendie criminel. La victime participait à un programme d'échange avec un Marine américain dans le cadre de négociations entre les deux pays. Durant cette enquête, Pride doit collaborer avec Naomi Parsons, brillant agent du bureau d'investigation des forces armées australiennes.
S02E06 - Folie furieuse
Lors de la course annuelle en robe rouge, organisée chaque année dans la ville et à laquelle participe le NCIS, une Marine trouve la mort en chutant d'un toit alors qu'elle se croyait pourchassée par un homme armé. L'autopsie révèle que la jeune femme, comme trois autres récentes victimes, était sous l'emprise d'une nouvelle drogue hallucinogène…
S02E07 - Un cœur brisé
Meredith va devoir collaborer avec sa mère, Olivia Brody, lorsqu'un expert en cryptologie, employé par cette dernière, se fait dérober le cœur qui devait lui être greffé et que deux infirmiers de la Marine sont tués.
S02E08 - Confluence
Juste avant le procès d'un trafiquant d'armes international arrêté par Pride, le témoin principal est assassiné. Pride et Percy, qui doivent alors escorter au Texas le seul autre témoin capable de faire tomber le trafiquant, tombent dans une embuscade…
S02E09 - Heures sombres
Alors qu'une panne de courant géante affecte toute la ville, le NCIS enquête dans des conditions difficiles pour élucider la mort d'un Marine. Une affaire qui s'avère personnelle pour Pride puisque la victime était le fiancé d'une amie de sa fille…
S02E10 - Cataclysme
En août 2005, au moment du passage de l'ouragan Katrina à la Nouvelle-Orléans, LaSalle, alors policier de la ville, enquêtait sur le meurtre d'un homme et rencontrait Pride et Loretta pour la première fois. 10 ans après le cataclysme et cette enquête restée non résolue, le meurtre d'un Marine par un homme au profil similaire permet à LaSalle de faire le lien entre les deux affaires...
S02E11 - Le blues de Noël
L'épouse d'un commandant de la Navy est tuée lors d'une série de cambriolages durant la période de Noël. Tous les éléments de l'enquête conduisent alors vers le fils adoptif de Loretta, Danny Malloy. Persuadé de son innocence, Pride va tout faire pour retarder la mise en examen du jeune homme…
S02E12 - L'union fait la force (2/2)
Alors que les deux équipes poursuivent leur enquête conjointe sur le vol d'un navire de guerre américain par le gouvernement russe, Ellie se rend à la Nouvelle-Orléans et Sebastian rejoint Abby à Washington. Luca Sciuto est en vie mais reste suspecté par le NCIS à cause de sa relation avec un agent dormant russe…Crossover avec NCIS.
S02E13 - Clandestins
Pride et son équipe enquêtent sur le meurtre d'un Marine, maquillé en suicide. L'homme était un ancien réfugié du Honduras, qui avait pu obtenir ses papiers en intégrant la Navy. Pour cette affaire, liée à un réseau de passeurs, le NCIS collabore avec l'inspecteur Randy Wilson des services d'immigration.
S02E14 - Mardi Gras
En pleine fête de Mardi Gras, l'agent Pride et le maire Douglas Hamilton sont tous deux kidnappés. Alors que le NCIS tente de les localiser, les otages comprennent que leur agresseur cherche à obtenir justice sur une affaire liée à la première enquête de Pride, alors qu'Hamilton était encore étudiant...
S02E15 - Résurrection
Après une fusillade mortelle dans un train, l'un des deux héros ayant réussi à neutraliser l'agresseur est introuvable. Il s'agit d'un ex soldat infirmier, disparu depuis 4 ans après avoir été capturé et torturé en Afghanistan. Pour retrouver sa trace, Pride entre en contact avec un agent de la CIA.
S02E16 - Nouveau Départ
En enquêtant sur le vol d'un stock d'explosifs de la Navy ayant entraîné la mort d'un Marine, Pride et ses agents tombent sur un réseau de trafiquants de drogue et sur leur collègue Sonja Percy. Réquisitionnée par la DEA, celle-ci a été infiltrée pour faire tomber son ex meilleure amie…
S02E17 - Silence radio
Un commandant de la Marine est tué en direct sur les ondes de Kayla Anderson, célèbre animatrice radio et maîtresse de la victime avec qui elle avait été affectée en Irak. Menacée de mort à son tour, Kayla est protégée durant l'enquête. Par ailleurs, Laurel Pride rend visite à son père pour évoquer son avenir…
S02E18 - Épilogue
Dépêchés sur un accident de la route ayant entraîné la mort d'un Marine, les agents du NCIS comprennent rapidement qu'il s'agit d'un meurtre déguisé. La victime s'était reconvertie dans le journalisme d'investigation. Lorsque Meredith découvre que l'homme travaillait dans le même journal que sa sœur jumelle, également tuée par un chauffard, celle-ci est déterminée à faire le lien entre les deux affaires…
S02E19 - Une haine tenace
Laurel a été agressée pendant son footing par un homme qui décède suite aux coups portés par la jeune femme. Persuadé que l'agression de sa fille était un moyen de l'atteindre lui, Pride découvre que la camionnette qui suivait Laurel était munie d'un système de vidéo-surveillance des locaux du NCIS, de son bar et de son appartement…
S02E20 - De vieux os
Un commandant de la Navy est retrouvé assassiné en marge d'une procession funéraire musicale pour rendre hommage à un Marine décédé dans un accident. Au domicile de la victime, lorsque LaSalle découvre les ossements anciens du fondateur de la ville, le NCIS comprend qu'il a affaire à des pilleurs de tombes…
S02E21 - Dommage collatéral
Pride est contacté en pleine nuit par un ami de la Navy pour se rendre discrètement dans la chambre d'hôtel d'un général où une femme lieutenant a succombé à un empoisonnement. Contraint à la plus grande discrétion dans cette enquête sensible, le NCIS se heurte à la protection dont bénéficie le général…
S02E22 - Appel à l'aide
Une dizaine de personnes sont blessées dans l'explosion criminelle des cuisines d'un restaurant, dont une chef-cuisinière de la Navy, venue aider ses parents et propriétaires de l'établissement. Par ailleurs, Brody se rend à Washington pour l'enquête sur le général Matthews, et bénéficie de l'aide d'un agent de la Sécurité Intérieure, John Russo.
S02E23 - Le troisième homme
Dans le cadre d'une enquête sur le meurtre d'un plongeur-démineur de la Navy, le NCIS fait équipe avec la Sécurité Intérieure et Brody retrouve l'agent John Russo, assigné à la sécurité portuaire. Les deux institutions craignent la présence d'agents étrangers venus préparer un attentat…
S02E24 - Sous couverture
L'agent de la Sécurité Intérieure John Russo est bien le traître qui prépare une attaque imminente sur le Mississippi. Après leur rapprochement, Brody propose de le piéger afin de récupérer des preuves tandis que le reste de l'équipe doit trouver et désamorcer la bombe…