L'histoire se passe après les événements du film K : Missing Kings.
Kuroh et Neko sont toujours persuadés que Yashiro est toujours vivant. Tandis qu’ils tentent de découvrir ce qu’il est advenu de lui, Reisi Munakata, le Roi bleu du clan « Scepter 4 », tente toujours de faire le deuil de son ami Mikoto, et Anna, la nouvelle Reine rouge du clan « HOMRA », bat le rappel de ses anciens camarades dispersés. De leur côté, le Roi vert et les membres de son clan « Jungle » repassent à l’action...
Un an s'est écoulé depuis l'incident du lycée durant lequel Yashino Isana a disparu. La paix est cependant de courte durée puisque le Clan Vert, appelé la JUNGLE, s'en prend au SCEPTRE 4 et à HOMRA.
S02E02 - Kindness
Reisi Munakata convoque Kuro au SCEPTRE 4 pour en apprendre plus sur la JUNGLE, pendant que Neko se rend au bar de HOMRA.
S02E03 - Kismet
Le Roi Vert, Nagare Hisui, ordonne à ses deux hommes de mains les plus puissants d'attaquer le lycée où se sont réfugiés Kuroh et Neko.
S02E04 - Knot
Yashiro Isana réapparaît enfin et force la JUNGLE à se replier. Réunis avec ses amis, il leur révèle où il se trouvait cette dernière année et quels sont les plans du Clan Vert.
S02E05 - Ken
Les Clans Rouge, Bleu et Argent s'accordent à former une alliance pour se dresser contre le Clan Vert. Si la collaboration se déroule bien, Shiro et Anna s'inquiètent de plus en plus de l'état de santé de Munakata.
S02E06 - Keeper
Shiro réunit le SCEPTRE 4 et HOMRA pour leur parler du passé du Roi Vert et son intention de libérer les pouvoirs de la Table de Dresde. La guerre semble inévitable.
S02E07 - Kickdown
Hisui Nagare se mêle au combat. Il libère son pouvoir et parvient rapidement à rejoindre le haut de la Tour Mihashira où l'attendent les trois autres Rois.
S02E08 - Kaput
Tenkei Iwafune révèle sa véritable identité et son lien avec l'incident de Kagutsu qui s'est déroulé plusieurs années auparavant.
S02E09 - Kid's room
Kusanagi et Awashima s'invitent à une fête tenue par la JUNGLE pour obtenir la liste de leurs partisans. Mais leur présence est trahie par quelqu'un d'inattendu.
S02E10 - Keystone
Fushimi devient un nouveau membre de la JUNGLE. Pendant ce temps, le Premier Ministre démet Munakata de ses fonctions et de sa position de capitaine du SCEPTRE 4.
S02E11 - Kali-Yuga
La JUNGLE libère les pouvoirs de la Table de Dresde dans l'idée de faire évoluer l'humanité. Le chaos se répand sur Terre et Munaka décide de se rendre au repère du Clan Vert.
S02E12 - Knuckle bump
Fushimi risque sa vie pour libérer la voie aux Clans Rouge et Argent jusqu'à la base secrète de la JUNGLE. Malgré sa rancoeur envers son ancien ami, Yata se précipite à son secours.
S02E13 - Kings
Shiro et Neko rejoignent enfin Hisui. Déterminés à libérer le monde de l'influence de la Table, Shiro s'emploie à la détruire une bonne fois pour toute.