Rin et ses amis ont finalement réussi à terrasser le Roi immonde après son réveil à Kyôto et ils sont désormais retournés à leur vie quotidienne. Cependant, les Chevaliers de la Croix-Vraie commencent à recevoir un nombre croissant de demandes d’exorcismes alors qu'une vague d'événements étranges se propage à travers le monde.
Après avoir terrassé le Roi immonde, Rin passe des jours paisibles avec ses camarades. Mais un lycéen lambda semble voir les démons. Comment peut-il l'aider à se débarrasser de cette vision qui le traumatise ?
S03E02 - L'antre du secret
Yukio est convoqué par la légion angélique pour être interrogé et signer un pacte. En parallèle, Rin et ses amis poursuivent les exorcismes, avec notamment Kamiki et Shiemi qui n'ont pas été en binôme depuis longtemps.
S03E03 - Le cross festival
Le festival de l'Académie de la Croix-Vraie approche, et tous les élèves s'empressent d'inviter leur cavalière. Difficile pour Rin qui ne sait pas qui ignore si Shiemi acceptera d'accompagner lui ou son frère.
S03E04 - La taupe
Durant le festival de l'Académie, Lightning et Arthur A. Angel obtiennent l'information que la société Illuminati va chercher à capturer Izumo. L'ensemble des exorcistes présents au festival s'empressent de la trouver, mais voilà que l'espion japonais risque de compliquer le sauvetage.
S03E05 - Destin
Izumo Kamiki enlevée par Shima, l'Ordre décide d'envoyer Yukio et ses élèves à la poursuite des membres d'Illuminati. La jeune fille, de son côté, découvre la raison de son enlèvement et est encore abasourdie par le revirement de Shima.
S03E06 - Plus personne sur qui compter
Arrivés au sanctuaire Inari, Nemu invoque des familiers en capacité de livrer le récit liant Izumo au lieu où tous les jeunes exorcistes se trouvent.
S03E07 - Égarement
Maintenant qu'ils savent le passé qui rattache Izumo à cette ville où tout le monde semble heureux, Rin et ses amis sont bien décidés à la sauver. Et la concernée est bien décidée à ne pas servir de cobaye, mais Shima semble veiller à ce qu'elle poursuive l'expérience.
S03E08 - Détermination
En entrant au sein d'un bâtiment qui donnerait accès au QG d'Illuminati, Rin, Yukio et leurs amis se retrouvent confrontés à des sortes de zombies très coriaces. Quelle sera la détermination de ces exorcistes en herbe pour les mettre hors d'état de nuire, sachant qu'il s'agit a priori d'humains encore en vie ?
S03E09 - À l'aide
Le groupe de Rin et Yukio arrive tant bien que mal à se débarrasser des humains ayant ingéré l'élixir d'immortalité, jusqu'au moment où ils se font interpeller directement par le professeur Gedôin, à l'origine de l'expérience qu'Illuminati souhaite mener sur Izumo. Cette dernière va-t-elle se soumettre au transfert de Kyûbi ?
S03E10 - Camarades
Suite aux manigances de Gedôin, Izumo a été envoûtée par Kyûbi et a bien du mal à lui résister. Comment ses camarades exorcistes vont-ils la sortir de cette situation tragique ?
S03E11 - Pink Spider
La bataille contre Gedôin d'Illuminati achevée, Rin, Yukio et leurs amis reviennent à l'Académie un peu déçus de ne pas avoir ramené leur ami Shima. Notamment, Ryûji est très affecté par sa traîtrise, des explications en plus haut lieu s'imposent.
S03E12 - Sans préjugé
Rin, aidé de tous les autres exorcistes, a finalement réussi à terrasser le Roi immonde. Mais avant que tout rentre dans l’ordre, entre les secrets des uns et les méprises des autres, bien des choses devront être mises à plat. Notamment entre Rin et Yukio.