Les Mousquetaires quittent le front espagnol pour revenir à Paris. La ville est fragilisée par la pauvreté et la famine. Feron le gouverneur corrompu a pris le contrôle de Paris avec l'espoir d'assouvir de plus grandes ambitions. Mais la plus grande menace pourrait être son homme de main, un mercenaire dominé par sa rage et sa violence. Les Mousquetaires vont faire face à de nombreux complots contre la couronne mais aussi contre eux. Ces épreuves mettent leur vies personnelles dans la tourmente et compromettent leur loyauté envers ceux qu'ils aiment mais aussi les uns envers les autres.
S03E02 - Affamer Paris
Alors que Paris est au bord de la famine, Grimaud et Féron allient leurs forces à celles du Duc de Beaufort et font voler le blé qui devait nourrir la ville. Ils font en sorte que les réfugiés soient accusés. Le sens de la justice de d'Artagnan le met en porte-à-faux et les gardes rouges l'arrêtent. Il est emprisonné au Châtelet avec les réfugiés qui vont être exécutés. Les mousquetaires, qui ne sont plus que trois, tentent de découvrir la vérité. Sylvie, la jeune meneuse des réfugiés, essaie de rallier Athos à sa cause. Ce dernier va tenter de faire disculper les accusés, mais a-t-il raison de lui faire confiance? Un traître se trouve parmi eux.
S03E03 - Frères d'armes
En mission pour le Roi, les Mousquetaires se voient obligés de défendre son frère et traître le Duc Gaston d'Orléans, après qu'il ait tué trois anciens soldats dans une taverne de Paris. Christophe, propriétaire de la taverne et compagnon d'arme de ces hommes, exige que justice soit rendue. Mais un roi très préoccupé accueille à bras ouverts ce frère qui rentre tout juste d'exil, et refuse d'accéder à sa demande. Alors que la tension est à son comble et que certains secrets sont dévoilés, Tréville se met en danger et les Mousquetaires sont forcés de choisir entre devoir envers le roi et fidélité envers des frères d'arme.
S03E04 - Les diamants de la reine
L'avenir de la monarchie anglaise repose sur les épaules des mousquetaires après que Louis leur a ordonné de retrouver les joyaux de la couronne de sa soeur reine d'Angleterre. Il s'agit d'une mission décourageante, qui se révèle encore plus compliquée lorsqu'ils démasquent le voleur : l'exubérant Émile Bonnaire. Refrénant leurs instincts, les mousquetaires doivent faire confiance à leur vieil ennemi pour récupérer les diamants. Le grabuge qui s'ensuit met à l'épreuve la loyauté des mousquetaires et des retrouvailles inattendues finissent par briser le coeur d'Aramis. Pendant ce temps, Féron profite d'une occasion pour éviter un scandale personnel.
S03E05 - L'usurpateur
Les Mousquetaires se battent pour remettre de l'ordre dans Paris, après que Grimaud et Féron aient organisé une évasion à la prison du Châtelet. Ils y ont libéré un fou qui se prend pour le roi et veut se rendre au Palais accomplir sa vengeance. Grimaud contraint le serrurier du roi, qui était emprisonné, à ouvrir le coffre. Mais Féron a d'autres préoccupations et fait échouer leurs plans et met Grimaud en danger. Pendant ce temps au Palais, la fête pour l'anniversaire du Dauphin bat son plein et l'usurpateur tente de tuer la reine, qui est sauvée par Aramis.
S03E06 - Mort d'un héros
C'est le jour de rendre des comptes pour Grimaud, qui jure de tuer les Mousquetaires dans une série d'attaques coordonnées, et met Féron face à l'ultime défi dans sa quête de pouvoir. Dans un moment où ils ont plus que jamais besoin d'être ensemble et unis, avec Athos, leur capitaine, absent, et Aramis en pèlerinage avec le Roi, les Mousquetaires sont divisés. Des évènements dramatiques débouchent sur des révélations qui menacent de détruire le royaume. Avant que le jour s'achève, un héros mourra, un traître se dévoilera et les Mousquetaires seront à jamais changés.
S03E07 - L'or des dupes
Les mousquetaires poursuivent Grimaud et se retrouvent au milieu d'une forêt où une bande de femmes a monté son campement...
S03E08 - Prisonniers de guerre
Le roi est au plus mal, la reine demande à Aramis de l'aider pour négocier un traité de paix avec le roi d'Espagne...
S03E09 - Le butin
Treville prend des mesures controversées pour protéger le Dauphin alors que les ennemis de la France approchent...
S03E10 - Tous pour un
Après les funérailles de Treville, les mousquetaires subissent une tentative d'attentat de Grimaud. Leur garnison est incendiée, faissant de nombreuses pertes...