Octopus s’allie à Arnim Zola et à Hydra pour attaquer le Triporteur. Le S.H.I.E.L.D. est pris par surprise et Spider-Man doit répliquer seul à leur attaque.
S04E02 - Hydra passe à l’attaque – 2e partie
Spider-Man doit rassembler une nouvelle équipe pour empêcher les méchants de s’emparer de New York.
S04E03 - Deux Spider-Men valent mieux qu'un
Spider-Man conduit Miles Morales dans notre monde pour qu’il l’aide à arrêter le Bouffon.
S04E04 - Iron Vulture
Spider-Man doit venir en aide à Norman Osborn après qu'il ait été pris pour cible par le Vautour et Docteur Octopus.
S04E05 - Lizards
Dr Connors a une nouvelle fois été transformé en Lézard, et cette fois-ci chacune de ses morsures transforme ses victimes en lézards également. Spider-Man et Iron Spider vont devoir s'associer pour trouver un antidote.
S04E06 - Double Agent Venom
Pour venir au secours de Flash, Spider-Man et Scarlet Spider doivent une nouvelle fois affronter Kraven ainsi que des agents HYDRA.
S04E07 - Beached
Docteur Octopus a capturé le Marchand de Sable et cherche à le cloner afin de créer l'ultime Marchand de Sable pour qu'il devienne un des Sinister Six.
S04E08 - Anti-Venom
Spider-Man, Agent Venom et Iron Patriot doivent venir en aide à Harry Osborn, ce dernier étant sous le contrôle d'un nouveau virus créé par Docteur Octopus.
S04E09 - Force of Nature
En répondant à un signal de détresse dans le Queens, Spider-Man et ses acolytes libèrent sans le savoir Hydro-Man.