Après l'attaque de Crenshaw lors du dîner de remise des Bourses, Alex et Charlie sont interpelés par Grace, une jeune serveuse. C'est elle qui a reçu la balle destinée à Charlie. Coïncidence : c'est la seconde fois que Grace et Alex se trouvent prises dans une fusillade au même moment. La mère de Grace est persuadée qu'elle porte malheur à sa fille mais Alex la convainc du contraire. Charlie ressent des douleurs dans le bras et Dawn se retrouve contrainte de l'opérer.
S05E02 - Crise d'identité
Alors que son bras se remet à peine du coup de feu qu'il a subi, Charlie opère un patient accidenté dont le pied tient à peine à la jambe. Il espère se réconcilier avec Alex qui, de son côté, doit annoncer à une patiente accidentée qu'elle est atteinte d'un cancer.
S05E03 - Le blues de l'anniversaire
Son père s'est suicidé le jour de son anniversaire, alors qu'elle n'était encore qu'une enfant et depuis Alex ne veut plus fêter son anniversaire. Comble de l'ironie, elle doit opérer un papa célibataire dont c'est aussi l'anniversaire de sa fille. Maggie commence à rencontrer ses prétendants. L'un deux lui propose de l'aider à organiser une fête surprise pour Alex.
S05E04 - Fugue en la mineur
Dawn accueille le nouveau directeur du Hope Zion, Thomas Leffering, qui vient attester de la rentabilité de l'hôpital. De son côté, Alex, qui n'a aucune envie de passer la journée à travailler auprès de Charlie, décide d'aider Emmanuel à sauver une jeune fille en danger. Zach et les internes dont Billy, un ancien camarade de Cassie et Dev, tentent de sauver un homme arrivé congelé aux Urgences.
S05E05 - Opérations secrètes
Thomas annonce à Dawn que les greffes de coeur vont cesser à Hope Zion. Elle doit transférer tous ses patients. Pendant ce temps, Alex et Emmanuel doivent opérer un petit garçon dont le père est recherché par un gang de motards.
S05E06 - Le tout nu
Les Urgences du Hope Zion vivent leurs dernières heures. Le service va être transféré dans un Centre médical d'urgence. Après des années de brouilles, Alex renoue avec sa mère. Celle-ci a arrêté de boire mais sa santé est inquiétante. Zach prend en charge un patient qui revendique le droit à la nudité tandis que Maggie et Alex poursuivent leur essai clinique sur un groupe de femmes ayant un cancer du sein. L'une d'entre elles présente une occlusion intestinale. L'opération la plonge dans le coma. Charlie accepte le poste de Chef du Service de Chirurgie par intérim.
S05E07 - Urgence aux urgences
Thomas chasse des urgences un homme se plaignant de douleurs à la poitrine. Mais fou de rage, celui-ci emboutit sa voiture dans le rez-de-chaussée du Hope Zion. Alex doit faire face au diagnostic de Shahir sur la maladie de sa mère. Maggie et Alex doivent aussi défendre leur droit d'exercer la médecine suite à la plainte déposée par Violet, l'ancienne compagne de Bree.
S05E08 - La place du chef
Alex est partie quelques jours et Charlie doit assumer ses responsabilité de père et de chef de service. Il doit s'occuper d'un couple qui semble vivre selon un mystérieux accord. Après la démission de Thomas, le titre de chef des internes se joue encore entre Cassie, Dev et Billy. Dawn et Maggie les départagent en supervisant l'opération d'un homme atteint à la gorge par un shuriken.
S05E09 - Souvenirs du passé
Martha ne veut pas finir sa vie dans un établissement de soins palliatifs et demande à sa fille de l'aider à partir. Maggie voit arriver une patiente qui n'est autre que la soeur de Sydney. Charlie voit revenir Randall Crane qu'il avait déjà soigné à plusieurs reprises. Parviendra-t-il à le sauver une nouvelle fois ?
S05E10 - Deux soeurs
Alex confie les cendres de sa mère à Maggie, mais celle-ci les égare et demande à Sydney de l'aider à les retrouver. Sentant que son frère Dougie ne se présentera pas à la cérémonie funéraire, Alex charge Charlie et Shahir de le ramener. De son côté, Cassie a beaucoup de mal à faire respecter son planning d'affectation des internes. Aux urgences, Alex prend en charge une adolescente qui a besoin d'une greffe de rein.
S05E11 - Un fantôme touchant
Alex rêve qu'un esprit lui enlève son bébé. Par la suite, trois frères arrivent gravement blessés à l'hôpital. Les deux premiers meurent aussitôt et les médecins vont tout faire pour sauver le troisième. Maggie aimerait que Sydney achète un plus grand lit mais celle-ci a d'autres soucis en tête : on vient de lui proposer un poste à Londres. Charlie, lui, doit faire face à un fantôme facétieux capable de toucher les objets et les gens.
S05E12 - Tours de magie
Sydney et Maggie doivent partir pour Londres lorsque Maggie apprend qu'elle est pressentie pour le poste de ses rêves. Choisira-t-elle sa carrière ou l'amour ? Charlie opère un magicien qui lui demande de lui enseigner son tour pour parler aux fantômes. Dawn soupçonne Zach de lui cacher quelque chose.
S05E13 - Violentes enfances
Alex doit supporter sa grossesse et le comportement de Luke qui se montre violent à la crèche. L'hôpital accueille un adolescent colérique souffrant d'une faim incontrôlable. Pendant ce temps, Charlie fait la connaissance d'un nouveau psychiatre au Hope Zion et Dev doit soigner un ami d'enfance.
S05E14 - Mythe ou réalité
Charlie quitte précipitamment le bloc au beau milieu d'une opération. Dawn lui conseille vivement de consulter quelqu'un s'il veut pouvoir continuer à exercer. Amos lui demande d'expliquer son attitude. Dana doit opérer sa prof de yoga qui refuse catégoriquement une intervention sous anesthésie générale. Aidé de Dana et deux jeunes cinéastes en herbe, Shahir tourne un petit film de présentation pour convaincre l'agence d'adoption de leur confier un enfant.
S05E15 - Enquête interne
Charlie a quitté le bloc en pleine opération et le conseil d'administration organise une enquête interne. Alex a l'occasion de prendre sa défense mais peine à rédiger son discours. Pendant ce temps, une vieille amie demande à Shahir de l'aider à opérer une femme enceinte qui souhaite faire adopter son futur bébé.
S05E16 - La famiglia
Alex et Dawn souhaitent effectuer une opération délicate sur une patiente d'origine italienne dont la famille est un peu envahissante, sous la direction du Docteur Johnson, spécialiste new-yorkaise. Si l'intervention est un succès, Hope Zion pourrait devenir un nouveau centre spécialisé dans le traitement de certains cancers. Mais le Docteur Johnson étant retenue à la dernière minute, c'est son assistant qui la remplace. Le Docteur Bishop n'est pas revenu à Hope Zion depuis qu'il a quitté Cassie pour rentrer à Los Angeles essayer de sauver son mariage. Shahir et Jonathan s'apprêtent à signer les papiers d'adoption pour le bébé de Falak. L'admirateur secret de Cassie débarque aux urgences avec la ferme intention de lui déclarer sa flamme.
S05E17 - Un mariage peut en cacher un autre
En visitant une église pour leur futur mariage, Alex et Charlie font la rencontre de Nadine, venue se marier et qui se fracture le tibia dans les escaliers. Pendant ce temps, Dev, Zach et Jackson doivent s'occuper d'un homme sur le point d'être expulsé de chez lui, tandis que Dana et Shahir soignent un quadragénaire sorti du coma et persuadé qu'il n'a que dix-neuf ans.
S05E18 - L'espoir fait vivre
Alex et Charlie se marient et partent aussitôt pour leur nuit de noce. En route, Zach leur demande de venir en aide à des adolescents victimes d'un accident de la route en pleine campagne, en attendant les secours, coincés en ville. Mais les Harris sont eux aussi victimes d'un accident et les secours les envoient au Hope Zion. Tout l'hôpital est bouleversé par l'arrivée de ces patients pas comme les autres.