Sur le chemin de l'école, Jimmy Dulac, un adolescent de quinze ans, trébuche sur une amulette magique. Il découvre alors une civilisation secrète de trolls vivant sous sa petite ville. Jimmy se retrouve soudainement destiné à être le protecteur du monde des trolls et des humains.
Les hommes étant devenus rares à la suite d'un fléau qui a frappé la population masculine, les femmes ont pris en charge les postes les plus importants. Dans un pavillon interdit aux femmes, quelques beaux spécimens mâles sont élevés, destinés aux femmes les plus aisées. Le jeune Mizuno y trouve refuge pour échapper à un mariage arrangé par sa mère.
Adolescente somme toute ordinaire, Saya Kisaragi semble jouir d’une existence privilégiée : un père aimants, des amis dévoués, une existence paisible. Toutefois, à la nuit tombée, maniant habilement son sabre, elle combat diverses créatures mangeuses d’hommes.
Une jeune fille nommée Andy, vivant dans le monde du catch, s'efforce de devenir la meilleure catcheuse professionnelle de tous les temps et adopte le pseudonyme de "Fight Girl" pour se faire connaître.
A Cremona, une série de meurtres étranges a lieu comme par le "Tueur B". Après dix années d'absence, Keith Kazama Flick réintègre la police pour coincer ce tueur.
Quatre adolescents libèrent par mégarde un dangereux virus du nom de Xana. Ils intègrent alors l'univers virtuel de Lyoko pour combattre les monstres de Xana et protéger Aelita, la seule capable de mettre fin à cette menace.
Gary Goodspeed, héros maladroit mais au grand cœur, est prêt à tout pour défendre ceux qui lui sont chers. Mais lorsque le terrible Lord Commander menace de détruire l'univers et tente de s'emparer de Mooncake, un petit alien vert qu'il a pris sous son aile, Gary et ses compagnons de bord devront être prêts à tous les sacrifices pour éviter la catastrophe.