Après la disparition de sa mère dans un incendie, Mahito doit quitter Tokyo pour partir vivre à la campagne dans le village où elle a grandi. Il s’installe avec son père dans un vieux manoir situé sur un immense domaine où il rencontre un héron cendré qui devient petit à petit son guide.
Un tueur à gages répondant au nom de Léon prend sous son aile Mathilda, une petite fille de douze ans, seule rescapée du massacre de sa famille. Bientôt, Léon va faire de Mathilda une "nettoyeuse", comme lui...