Si le talent de Michael Emerson n’explose aux yeux du monde que lorsqu’il endosse le rôle de l’énigmatique et inquiétant Benjamin Linus dans la série culte Lost, à l’âge de 52 ans, c’est d’abord au théâtre qu’il fait ses armes. Ainsi, dans sa jeunesse, il étudie l’art à l’université de Des Moines dans l’Iowa, avant de tenter la grande aventure à New York dans l’espoir de faire carrière sur les planches. En attendant, il passe de petit boulot en petit boulot et se lance même dans le dessin sans grand succès. Après plusieurs années de galères, dépité, il abandonne et choisit de déménager avec sa femme à Jacksonville, où il mène une vie tranquille en tant que professeur dans un collège. Sa passion ne le quitte pas pour autant : il s’amuse dans des productions locales et s’essaye à la mise en scène pour l’occasion. Désireux d’approfondir ses connaissances en la matière, il reprend ses études en 1993 et obtient un diplôme des Beaux-Arts délivré par l’université de l’Alabama. Au cours de son cursus, il rencontre de nombreux professionnels, persuadés de son talent, qui l’encouragent à croire à nouveau en ses rêves. Il retourne alors dans la "Grosse Pomme", où il refait sa vie suite à son divorce. Après une apparition sur scène remarquée lors de l’Alabama Shakespeare Festival, la chance lui sourit enfin.

Dès 1997, il enchaîne les premiers rôles dans des pièces de théâtre acclamées par la critique. Il incarne ainsi Oscar Wilde et donne la réplique à Uma Thurman, Kevin Spacey et Kate Burton. Il obtient en parallèle quelques petites apparitions au cinéma dans The Journey, La Carte du coeur ou encore Pour l'amour du jeu. La télévision, à laquelle il n’a goûté qu’une seule fois en jouant un clown dans un téléfilm de 1990, Orpheus Descending, lui tend les bras. Le premier à lui donner sa chance est David E. Kelley, qui le choisit pour interpréter le serial killer William Hinks dans un arc de plusieurs épisodes de sa série judiciaire The Practice. En 2001, cette prestation lui offre son premier Emmy Award dans la catégorie « Meilleure guest-star dans une série dramatique ». On pourrait alors croire que sa carrière est définitivement lancée, mais ce sont pourtant quelques années de galère supplémentaires qui l’attendent. Il apparait dans New York Section Criminelle, New York Unité Spéciale, X-Files et FBI : portés disparus. En 2004, il est choisi pour incarner Zep Hindle, un pion dans le jeu machiavélique du tueur de Saw. S’il ne revient pas dans les autres volets de la saga horrifique, il sort peu à peu de l’ombre et s’illustre dans La Légende de Zorro et Straight-Jacket, où il retrouve sa deuxième femme, l’actrice Carrie Preston. Mais c’est en 2006 que son destin bascule définitivement.

Alors que Lost est à l’apogée de sa gloire, les producteurs sont à la recherche d’un acteur charismatique pour interpréter un nouveau personnage de la saison 2, censé rester quelques épisodes seulement. Ils pensent instinctivement à Michael Emerson en se souvenant de sa prestation dans The Practice. Benjamin Linus inspire tellement les scénaristes, mais aussi les fans et théoriciens de la série, qu’il devient un héros régulier à partir de la saison suivante et manipulera son monde jusqu’à l’ultime épisode. Il remporte son deuxième Emmy Award en 2009, à l’issue de la saison 5. A noter que dans l’épisode 20 de la saison 3, Carrie Preston partage quelques scènes de flashbacks avec lui dans lesquelles elle joue sa mère ! Après la fin de Lost, un projet produit par J.J. Abrams est en développement avec pour objectif de réunir Emerson et Terry O'Quinn. Les deux acteurs sont devenus amis sur le tournage de la série à Hawaii et leur alchimie à l’écran est évidente. Odd Jobs ne voit finalement pas le jour, mais l’acteur poursuit sa collaboration avec Abrams en devenant en 2011 l’une des stars de sa nouvelle production scénarisée par Jonathan Nolan : Person of Interest. Il y interprète le mystérieux millionnaire Harold Finch, un inventeur de génie qui a créé une machine capable d’identifier chaque jour des personnes qui vont être impliquées dans un crime. la grande question demeure de savoir si la cible sera la victime ou le coupable.