Dans le San Francisco de 1906, une chanteuse se fait engager dans un cabaret quelque peu douteux tenu par Blackie Norton. Repérée par un grand maestro d'opéra, celui-ci lui propose de venir exercer son talent à Tivoli. Mais elle est liée par un contrat de deux ans à Norton qui ne veut pas la laisser partir...
A travers l'image d'une femme berçant un enfant, quatre épisodes de l'intolérance sont racontés dans une fresque monumentale. Un épisode moderne sur un gréviste condamné à la pendaison. Un épisode biblique lors d'une noce à Cana. Un épisode des guerres de religion au temps de Charles IX. Un épisode chaldeen. Dans tous l'intolérance ...
La guerre de Sécession. Deux familles éprouvées : les Stoneman (favorables au Nord) et les Cameron (sudistes). Le retour de la paix ne calme pas les esprits. Lincoln est assasiné. Les troubles naissent des politiciens véreux et des Noirs livrés à eux-mêmes. Par réaction se crée le Ku Klux Klan justicier et vengeur.