John Schultz se lance dans la réalisation en signant plusieurs documentaires, dont notamment le making-of de Jurassic Park en 1993, qui connaîtra même une exploitation vidéo. Décidé à poursuivre sur cette lancée, le jeune cinéaste produit et met en scène la comédie dramatique et musicale Bandwagon (1996), long métrage primé au Festival du film de Tokyo dont il signe également le scénario.

John Schultz réalise son deuxième long métrage en 1999, la bluette adolescente Drive Me Crazy, qui joue principalement sur la popularité de son interprète principale, Melissa Joan Hart (Sabrina, la petite sorcière). En 2002, le réalisateur assure la direction de la comédie fantastique Magic baskets, en dirigeant pour la première fois sur grand écran la jeune star du rap Lil' Bow Wow.