Craig McCracken s'intéresse très tôt au dessin et se destine d'abord à la bande dessinée. Par la suite, il découvre l'animation et décide de s'inscrire à Cal Arts (California Institute of The Arts). A sa sortie, il signe un contrat avec Hanna-Barbera avant d'être engagé par la chaîne Cartoon Network.
Craig McCracken y travaille sur deux séries animées : Dexter's Laboratory et Les Powerpuff Girls. En 2002, cette dernière est adapté pour le grand écran. Pour son premier long métrage, Powerpuff girls - les Supers Nanas, il est crédité comme producteur exécutif, scénariste et réalisateur.