Une jeune fille aux compétences extraordinaires est l'un des plus jeunes et dangereux assassins du monde. Tout en semant l'agent de la CIA, qui est à ses trousses, elle tente de découvrir la vérité qui se cache derrière sa naissance et ses facultés innées.
Grâce à une technologie révolutionnaire qui révèle la mémoire génétique, Callum Lynch revit les aventures de son ancêtre, Aguilar, dans l'Espagne du XVe siècle. Callum découvre qu'il est issu d'une mystérieuse société secrète, les Assassins, et amasse les connaissances dont il aura besoin pour affronter une autre redoutable organisation : l'Ordre des Templiers.