Au Japon, à l'ère Tokugawa, de jeunes samouraïs décidés à en finir avec la corruption se font piéger par l'inspecteur Kikui, malgré les avertissements du chambellan Mutsuta. Ils vont être sauvés par un personnage sorti de l'ombre, Sanjuro...
À la fin de l’ère Edo, un samouraï, Sanjuro, arrive dans un village écartelé entre deux bandes rivales, menées d’un côté par le bouilleur de saké, de l’autre par le courtier en soie. Les deux bandes veulent s’adjoindre les services de Sanjuro…
Un groupe formé d'un général, de deux paysans et d'une princesse qui détient le trésor du clan va tenter de rejoindre un territoire ami à travers les affres de la guerre civile du XVIème siècle japonais.
Dans le Japon féodal, alors que les guerres civiles font rage, les généraux Washizu et Miki rentrent victorieux chez leur seigneur Tsuzuki. Ils traversent une mystérieuse forêt où ils rencontrent un esprit qui leur annonce leur destinée...