De retour d’une opération traumatisante en Afghanistan, Gabriel Drummer, membre du corps des Marines, découvre une Amérique complètement dévastée. En son absence, la guerre a traversé les frontières : le chaos règne partout sur le territoire et ceux qui ont survécu sont livrés à eux-mêmes.
New York City a sombré dans les ténèbres depuis que Shredder et son cruel clan des Foot ont la mainmise sur la ville, des forces de police aux politiciens. Alors que l’avenir semble sans espoir, quatre frères en marge de la société sortent des entrailles de la ville pour accomplir leur destin de Tortues Ninja.