Alors que la chute du Shogun plonge le pays dans le chaos, un assassin au service du gouvernement trahi par sa hiérarchie fomente une insurrection. Armé de son sabre à lame inversée, Kenshin prend part au combat que livrent les forces de police pour empêcher le despote de brûler Kyoto.
Titre original Rurôni Kenshin: Densetsu no Saigo-hen
À la tête d’une armée de mercenaires, le redoutable Shishio est prêt à tout pour renverser le nouveau gouvernement. Kenshin part alors en quête de son ancien maître pour parfaire son apprentissage et tenter de mettre fin au déchainement de violence qui s’est emparé du pays.
Un groupe de malfaiteurs souhaite s'emparer du projet d'un scientifique, qui visait à créer des robots pour protéger et surveiller l'humanité, pour en faire des armes destructrices. Kikaider, l'une des machines dotée d'une conscience, est le seul à pouvoir stopper le commando.