Clay Jensen, découvre sous son porche une mystérieuse boîte portant son nom. À l'intérieur, des cassettes enregistrées par Hannah Baker, une camarade de classe qui s'est tragiquement suicidée. Les enregistrements révèlent que la jeune fille, a décidé de mettre fin à ses jours pour treize raisons.
Nate Foster, jeune recrue du FBI, est chargé par sa supérieure d'infiltrer en tant qu'indic un groupuscule néo-nazi. D'abord réticent, Nate comprend vite que pour mettre en confiance les membres de l'organisation, il doit devenir un des leurs...
Alors que se prépare une exposition consacrée à la célèbre photographe Isabelle Reed trois ans après sa mort accidentelle, son mari et ses deux fils sont amenés à se réunir dans la maison familiale et évoquer ensemble les fantômes du passé…