Lorsqu'un tueur s'en prend à l'élite de Gotham par une série de machinations sadiques, une piste d'indices cryptiques envoie Bruce Wayne alias Batman sur une enquête dans la pègre, où il rencontre des personnages tels que Selina Kyle, alias Catwoman, Oswald Cobblepot, alias le Pingouin, Carmine Falcone et Edward Nashton, alias l’Homme-Mystère.
Dans une ultime tentative pour contrecarrer un complot et une terrifiante catastrophe, les autorités décident d’implanter la mémoire et le savoir-faire d’un agent de la CIA décédé dans le corps d’un condamné à mort aussi imprévisible que dangereux.